Die sleutelverskil tussen polisoomprofilering en ribosoomprofilering is dat polisoomprofilering ribosoomgedrag ontleed deur beide ribosoom en mRNA (polisoom) tydens translasie te gebruik, terwyl ribosoomprofilering ribosoomgedrag slegs met behulp van die mRNA-volgorde tydens translasie ontleed.
Translasie is die tweede fase van proteïensintese wat die inligting in die mRNA omskakel na 'n aminosuurvolgorde. Translatomics is 'n studie van ORF's (oop leesrame) wat aktief in 'n sel van 'n organisme vertaal word. Polisoom- en ribosoomprofieltegnieke is twee tipes tegnieke in die veld van molekulêre biologie om verskillende parameters te assesseer en af te lei in die konteks van die ontleding van die translatoom.
Wat is Polisoom-profilering?
Polisoom-profilering is 'n tegniek wat die status van translasie van 'n spesifieke mRNA aflei deur die gedrag van beide ribosoom en mRNA (polisoom) te ontleed. Met ander woorde, hierdie tegniek verskaf data en gevolgtrekkings oor die assosiasie van mRNA's met ribosome. Die polisoom verwys na die groep ribosome gebind aan 'n mRNA wat tydens die verlengingsfase van translasie teenwoordig is.
Figuur 01: Polisoomprofilering
Polisoom-profilering vereis die sellisaat, wat dan gesentrifugeer word. Die gesentrifugeerde monster word dan geskei op grond van hul digthede om die klein en groot subeenhede van die ribosome en die ooreenstemmende mRNA betrokke by die vorming van die polisoom te karakteriseer. Verder behels die proses ook die meet van optiese digtheid. Daar word van kundiges vereis om polisoomprofilering uit te voer.
Polisoom-profieltegniek is 'n belangrike hulpmiddel vir baie toepassings. Wetenskaplikes gebruik hierdie tegniek om die mate van translasie in selle te bestudeer. Meer spesifiek is dit 'n hulpmiddel om akkurate inligting te verskaf oor die studie van individuele proteïene en hul spesifieke mRNA's. In die konteks van die bestudering van die graad van translasie van 'n bepaalde mRNA, is die polisoomprofieltegniek noodsaaklik. Hier kan die 3'- en 5'-volgordes van 'n mRNA ondersoek word met verwysing na hul uitwerking op die hoeveelheid mRNA wat geproduseer word en die vlak van translasie.
Wat is Ribosome Profiling?
Ribosoom-profilering is 'n tegniek wat die gedrag van die ribosoom met betrekking tot sy mRNA tydens translasie ontleed. Hierdie tegniek is gevind en ontwikkel deur Joan Steitz en Marilyn Kozak. Later is hierdie tegnologie verder ontwikkel deur twee wetenskaplikes, Nicholas en Jonathan, in kombinasie met volgende-generasie volgordebepaling, wat gelei het tot die ontwikkeling van verskillende verwante tegnieke soos Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) metodologie.
Figuur 02: Ribosoomvolgorde
Die prosedure van ribosoomprofilering behels die isolering van die mRNA, die verwydering van die RNA wat nie aan ribosome gebind is nie, en die skeiding van die mRNA wat aan ribosome gebind is. Na hierdie prosedure word die mRNA-isolaat omgekeerd getranskribeer, en cDNA-sintese vind plaas. Laastens kan volgordedata belyn word met die translasieprofiel om die kenmerke van die ribosoomgedrag met betrekking tot die mRNA af te lei.
Ribosoom-profilering help baie navorsers om die ligging van beginpersele van vertaling, die komplement van vertaalde oop leesrame (ORF'e) in 'n sel of 'n weefsel, die verspreiding van ribosome op mRNA, en die tempo van vertaal ribosome. Ribosoomprofilering staan ook bekend as ribosoomvoetspoor of Ribo-volgorde.
Wat is die ooreenkomste tussen polisoomprofilering en ribosoomprofilering?
- Polisoom- en ribosoomprofilering is molekulêre biologiese tegnieke wat belangrik is in navorsing.
- Hulle verskaf inligting oor die vertaalproses.
- Albei profileringsprosesse verskaf data deur ontleding van die translatoom.
- Professionele kundiges word benodig om beide tegnieke uit te voer vir akkurate resultate.
- Bioinformatika-instrumente speel 'n belangrike rol in beide tegnieke.
Wat is die verskil tussen polisoomprofilering en ribosoomprofilering?
Polisoomprofilering ontleed die ribosoomgedrag deur beide ribosoom en mRNA (polisoom) tydens translasie te gebruik, terwyl ribosoomprofilering die ribosoomgedrag analiseer slegs deur die mRNA-volgorde tydens translasie te gebruik. Dit is dus die sleutelverskil tussen polisoomprofilering en ribosoomprofilering. Boonop behels polisoomprofilering tegnieke soos digtheidsgradiëntsentrifugering en optiese digtheidsmetings, terwyl ribosoomprofilering mRNA-ekstraksie en volgordebepalingstegnieke behels. Ook is ribosoomprofilering meer akkuraat as polisoomprofilering.
Die onderstaande infografika bied die verskille tussen polisoom- en ribosoomprofilering in tabelvorm aan vir vergelyking langs mekaar.
Opsomming – Polisoomprofilering vs ribosoomprofilering
Translasie is die tweede fase van proteïensintese wat die omskakeling van die inligting oor die mRNA-volgorde na 'n aminosuurvolgorde behels. Hierdie proses vereis 'n mRNA-sjabloon, ribosome, aminosure, tRNA en ander faktore. Polisoom- en ribosoomprofilering is twee molekulêre tegnieke. Polisoomprofilering ontleed die ribosoomgedrag deur beide ribosoom en mRNA (polisoom) tydens translasie te gebruik, terwyl ribosoomprofilering die ribosoomgedrag analiseer slegs deur die mRNA-volgorde tydens translasie te gebruik. Polisoomprofilering behels tegnieke soos digtheidsgradiëntsentrifugering en optiese digtheidsmetings. Ribosoom-profilering behels tegnieke soos mRNA-ekstraksie, cDNA-sintese en volgordebepaling. Dus, dit som die verskil tussen polisoom- en ribosoom-profilering op.
