Sleutelverskil – Nick Translation vs Primer Extension
Nik-vertaling en primer-verlenging is twee belangrike tegnieke wat in molekulêre biologie uitgevoer word. Die sleutelverskil tussen nick-translasie en primer-verlenging is dat nick-translasieproses gemerkte probes vir ander hibridisasietegnieke produseer, terwyl primer-verlengingsmetode 'n spesifieke RNA-volgorde uit 'n mengsel identifiseer en inligting oor die uitdrukking van mRNA openbaar. Albei tegnieke is baie belangrik en word gereeld in molekulêre navorsingslaboratoriums uitgevoer.
Wat is Nick Translation?
Nick-vertaling is 'n belangrike tegniek wat gebruik word om gemerkte probes voor te berei vir verskeie molekulêre biologiese tegnieke soos klad, in situ hibridisasie, fluoresserende in situ hibridisasie, ens. Dit is 'n in vitro metode van DNS-etikettering. DNA-probes word gebruik om spesifieke DNA- of RNA-volgordes te identifiseer. Met behulp van 'n gemerkte sonde kan spesifieke fragmente gemerk of gevisualiseer word vanaf 'n komplekse mengsel van nukleïensuur. Daarom word gemerkte probes voorberei met behulp van verskeie tegnieke om vir verskillende tegnieke gebruik te word. Nick-vertaling is een so 'n metode wat gemerkte probes produseer met behulp van DNase 1 en DNA-polimerase 1-ensieme.
Die nick-vertalingsproses begin met DNase 1-ensiemaktiwiteit. DNase 1 stel inkepings in die fosfaatruggraat van dubbelstring-DNS in deur fosfodiesterbindings tussen nukleotiede te splits. Sodra die nick geskep is, sal vrye 3' OH-groep van die nukleotied verkry word en DNA-polimerase 1-ensiem sal daarop inwerk. 5' tot 3' eksonuklease-aktiwiteit van DNA-polimerase 1 verwyder nukleotiede van die kerf na die 3'-rigting van die DNA-string. Terselfdertyd werk polimerase-aktiwiteit van DNA-polimerase 1-ensiem en voeg nukleotiede by om die verwyderde nukleotiede te vervang. As die nukleotiede gemerk is, sal die vervanging deur die gemerkte nukleotiede plaasvind en dit sal die DNS merk vir identifikasie. Hierdie nuut gesintetiseerde gemerkte DNA kan as probes in verskeie hibridisasiereaksies in Molekulêre Biologie gebruik word.
Figuur 01: Nick-vertaalproses
Wat is Primer Extension?
Primer-uitbreiding is 'n tegniek wat gebruik word om spesifieke RNA-volgorde van 'n RNA-mengsel te vind en die 5'-punt van die mRNA-transkripsie op te spoor. Dit word ook gebruik om die struktuur van RNA en uitdrukking te bestudeer. Primer verlengingsmetode word uitgevoer met gemerkte primers of met gemerkte nukleotiede. As gemerkte primers gebruik word, sluit dit die behoefte uit om die nukleotiede wat vir die sintese van cDNA gebruik word, te merk. Daar is verskeie stappe in hierdie tegniek. Dit begin met die onttrekking van RNA uit die monster. Dan word 'n gemerkte oligonukleotied-primer by die mengsel gevoeg saam met die nodige bestanddele om cDNA van 'n spesifieke RNA-volgorde te sintetiseer. Primer uitgloei met die komplementêre volgorde van die mengsel. Deur die primer-gegloeide volgorde as die templaat te gebruik, sintetiseer die ensiem omgekeerde transkriptase die komplementêre DNA (cDNA) van die RNA-volgorde. Primer-gloeiing en omgekeerde transkripsie vind slegs plaas wanneer die spesifieke RNA-volgorde in die monster teenwoordig is. Laastens, wanneer denaturerende gelelektroforese uitgevoer word, kan die grootte van die RNA-volgorde bepaal word. Dit is ook maklik om die +1 basis van die mRNA (transkripsie-inisiasieplek) volgorde te vind deur die primer extension metode. Die hoeveelheid mRNA wat in die monster teenwoordig is, kan deur hierdie metode gekwantifiseer word indien oortollige onderlaag gebruik word.
Figuur 02: Primer-uitbreiding
Wat is die verskil tussen Nick Translation en Primer Extension?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nik-vertaling is 'n proses wat gemerkte DNA-probes vir verskeie hibridisasiereaksies skep. | Primer-verlenging is 'n tegniek wat gebruik word om spesifieke RNA te vind of om geenuitdrukking te bestudeer. |
| Ensieme gebruik | |
| DNase 1 en DNA-polimerase-ensieme word gebruik. | Omgekeerde transkriptase-ensiem word gebruik. |
| Belangrikheid | |
| Nik-vertaling vergemaklik die merk van spesifieke DNS-volgorde. | Primer-uitbreiding maak die opsporing van spesifieke mRNA-volgordegrootte en die hoeveelheid teenwoordig in die monster moontlik. |
Opsomming – Nick Translation vs Primer Extension
Nick vertaling is 'n metode wat gebruik word om gemerkte probes te sintetiseer gebaseer op die aktiwiteite van DNase 1 en E coli DNA polimerase 1 ensieme. Dit is 'n in vitro metode wat in die laboratoriums gebruik word voor verskillende hibridisasie tegnieke. Tydens die nick-translasie verwyder 5'-3'-eksonuklease-aktiwiteit van DNA-polimerase 1 nukleotiede voor die nick en polimerase-aktiwiteit van DNA-polimerase 1 vervang die verwyderde nukleotiede met gemerkte nukleotiede agter die nick. Primer-verlenging is 'n metode wat gebruik word om 'n spesifieke RNA-transkripsie van 'n mengsel op te spoor en die grootte en hoeveelheid van die belang-RNA te kwantifiseer. Dit is die verskil tussen nick vertaling en primer extension.
