Sleutelverskil – Probe vs Primer
Die molekulêre sonde is 'n klein DNS- of RNA-fragment wat die komplementêre rye in DNS of RNS herken en identifikasie van die teikenvolgorde moontlik maak. Primer is 'n klein stuk DNA of RNA wat dien as 'n beginpunt vir DNA-sintese. Primers en probes hibridiseer met die komplementêre nukleotiede van die templaat-DNS of die teiken-DNS. Die sleutelverskil tussen sonde en primer is egter dat primers nodig is vir DNA-replikasie terwyl probes nodig is vir opsporing van spesifieke volgordes in die monster-DNS.
Wat is 'n sonde?
Probe is 'n klein fragment van DNA of RNA wat gebruik word om die teiken DNA of RNA in die monster op te spoor deur molekulêre hibridisasie. Hulle staan ook bekend as molekulêre merkers. Die lengte van die sonde kan wissel (100 tot 1000 basisse), en sondenukleotiede is komplementêr tot die deel van die teikenvolgorde. Vir die maklike opsporing word probes gemerk met radioaktiewe isotope of met fluoresserende kleurstowwe of teenliggaampies. Probes bind met die komplementêre basisse van die teikenvolgorde en openbaar die teenwoordigheid van die teiken DNA of RNA in die monster. Daar is twee hoofmetodes om probes te etiketteer: eindetikettering en nick-translasie. Probes word in verskillende tipes gekategoriseer, insluitend DNA-probes, RNA-probes, cDNa-probes en sintetiese oligonukleotiede-probes, en hulle word voorberei deur verskillende tegnieke te gebruik.
Probes is belangrike hulpmiddels in baie mikrobiese en molekulêre gebiede soos virologie, forensiese patologie, vaderskaptoetsing, DNA-vingerafdrukke, opsporing van genetiese siektes, RFLP, molekulêre sitogenetika, in situ hibridisasie, ens.
Figuur 01: Fluorescently-gemerkte sonde wat in FISH gebruik word vir patogeen-opsporing
Wat is 'n Primer?
Primer is 'n kort DNA- of RNA-fragment wat dien as 'n inisieerder vir DNA-sintese. DNA-polimerase-ensiem voeg nukleotiede by die 3' OH-groep van primervolgorde en sintetiseer die nuwe string komplementêr tot die sjabloon-DNS. Primers is baie kort fragmente met die lengte van 18 tot 20 nukleotiede. Hulle word chemies gesintetiseer in die laboratorium vir in vitro DNA-amplifikasie (PCR). Primers kan enige volgorde van nukleotiede hê aangesien dit deur die gebruiker ontwerp is. Hulle word gesintetiseer om by die komplementêre basisse van die sjabloon-DNS te pas. Daarom kan dit enige volgorde van nukleotiede hê. Primers is van uiterste belang vir DNA-replikasie aangesien DNA-polimerase nie nuwe DNA kan sintetiseer sonder 'n reeds bestaande stuk DNA nie. Wanneer die primers vir PCR ontwerp word, moet die volgende dinge in ag geneem word:
- Primers moet die komplementêre nukleotiede bevat aan die flankerende einde van die DNA wat wil versterk.
- Primers moet smelttemperatuur tussen 55 – 65 hê 0C
- G- en C-inhoud moet tussen 50 en 60% wees.
Twee primers word in PCR as vorentoe en omgekeerde gebruik om beide stringe van die monster DNA te repliseer. Primers word algemeen gebruik om PCR en DNA-volgordebepaling uit te voer.
Figuur 02: Primer-uitgloeiing in PCR
Wat is die verskil tussen Probe en Primer?
Probe vs Primer |
|
| Probe is 'n klein fragment van DNA/RNA wat gebruik word om die teenwoordigheid van die teikenvolgorde in 'n monster deur molekulêre hibridisasie op te spoor. | Primer is 'n klein stuk DNA of RNA wat dien as 'n beginpunt vir DNA-replikasie. |
| Funksie | |
| Dit bespeur die teenwoordigheid van 'n spesifieke volgorde in die monster van DNA of RNA. | Dit dien as 'n beginpunt vir DNA-sintese. |
| Length | |
| Lengte kan in die reeks van 100 – 1000 basisse wees | Lengte is oor die algemeen ongeveer 18 – 20 basisse |
| Bind met komplementêre volgorde | |
| Probe hibridiseer met die komplementêre basisse van die teikenvolgorde | Primer uitgloei met die komplementêre basisse van die DNS-stringe. |
| Etikettering | |
| Probes is gemerk vir maklike opsporing | Primers word gewoonlik nie gemerk nie |
| Gebruik in PCR | |
| Probes word nie in PCR gebruik nie | Primers word gebruik in PCR |
Opsomming – Probe vs Primer
Probe is 'n klein fragment van DNA- of RNA-volgorde wat met komplementêre nukleotiede gehibridiseer kan word om 'n teikenvolgorde in die monster op te spoor. Probes word radioaktief, immunologies of fluoresserend gemerk om die teenwoordigheid van teikenvolgorde te sien. Primer is 'n baie klein DNA- of RNA-fragment wat dien as die beginpunt vir in vitro DNA-amplifikasie. DNA polimerase identifiseer 3' OH groep primer en begin die bou van nuwe string komplementêr tot die sjabloon. Probes en primers werk soortgelyk deur te hibridiseer met komplementêre nukleotiede. Dus, die sleutelverskil tussen sonde en primer is hul hooffunksie.
