Sleutelverskil – Stomp vs Sticky End Ligasie
Beperkings-endonukleases is spesifieke ensieme wat dubbelstring-DNS (dsDNA) sny. Hulle staan ook bekend as molekulêre skêr in molekulêre biologie. Beperkingsensieme is in staat om spesifieke kort reekse van die dsDNA bekend as herkenningsplekke te herken en fosfodiester- en waterstofbindings te klief om dubbelstringe oop te maak. As gevolg van splitsing deur hierdie ensieme word DNS-fragmente geproduseer met verskillende tipes punte soos taai punte en stomp punte. DNA-ligase is 'n ensiem wat in molekulêre biologie gebruik word om twee aangrensende DNA-stringe te verbind deur nuwe bindings te vorm. Die stap staan bekend as afbinding en volgens die tipe van die DNA-einde wat geligeer is, kan daar na hulle verwys word as stomp-eind-ligasie en taai-end-ligasie. Die sleutelverskil tussen stomp- en taai-end-ligasie is dat stomp-end-ligasie plaasvind tussen DNA-fragmente wat twee stomp punte bevat, terwyl taai-end-ligasie tussen 5' en 3' oorhange voorkom. In vergelyking met stompe afbinding, is kleefpuntafbinding meer doeltreffend en stabiel.
Wat is 'n stompe afbinding?
Sommige beperking-endonukleases kan die DNA by die teenoorgestelde basisse sny en stomp-end DNA-fragmente produseer. Hierdie ensieme staan bekend as stomppuntsnyers; hulle kloof reguit af tot in die middel van die beperkingsplek sonder om enkelstrengige oorhangende basisse te laat. Stomp punte staan ook bekend as nie-oorhangende punte, aangesien hulle nie 3' en 5' oorhangende basisse aan die ente het nie. Beide stringe eindig vanaf basispare in stomp punte. Algemene stomppuntsnyensieme is EcoRV HaeIII, AluI en SmaI.
Stomp eindafbinding is betrokke tussen twee stomp punte. Dit is nie 'n afbinding van uitstaande basisse nie. Hierdie afbinding is minder doeltreffend as taai-end afbinding. In sommige geleenthede word stompe afbinding egter voordeliger as kleefpuntafbinding, veral wanneer PCR-produkte afgebind word. PCR-produkte word altyd met stomp punte vervaardig. Stomp eindligasie vereis nie komplementêre ente in die DNA vir die afbinding nie.
Figuur 01: Stomp eindproduksie deur Eco RV-ensiem
Wat is 'n Sticky End Ligation?
Sommige beperking-endonukleases is in staat om dsDNA te sny, wat 'n oorhangende stuk enkelstring-DNS aan die einde laat. Hierdie punte staan bekend as taai of oorhangende punte. Klewerige eindligasie vind plaas tussen twee DNS-fragmente wat ooreenstemmende oorhange bevat omdat taai ente met ongepaarde basisse besit word en komplementêre basisse benodig om bindings te vorm. Gevolglik is dit nodig om dieselfde beperkingsensiem vir beide bronne van DNA te gebruik om die ooreenstemmende afbindfragmente te produseer.
Stawerige afbinding is meer doeltreffend en is dikwels hoogs wenslik in kloningsprosesse. Daar is verskeie beperkingsensieme wat taai punte produseer. Hulle is EcoRI, BamHI, HindIII ens.
Figuur 02: Plakkerige eindproduksie deur Eco RI-ensiem
Wat is die verskil tussen Blunt en Sticky End Ligation?
Blunt vs Sticky End Ligation |
|
| Stom-end-ligasie vind plaas tussen twee stomp-end-DNA-fragmente. | Stawerige eindligasie vind plaas tussen twee ooreenstemmende DNS-fragmente met taai punte. |
| Ensieme | |
| Snyers met stomppunte produseer stomp punte. | Kleefpuntsnyers produseer taai of samehangende punte. |
| Vereiste van ooreenstemmende eindpunte | |
| Dit vereis nie bypassende fragmente of komplementêre basisse nie. | Dit vereis komplementêre basisse aan die punte om basispare te vorm. |
| Doeltreffendheid | |
| Dit is minder doeltreffend as klewerige afbinding | Dit is meer doeltreffend as stompe afbinding. |
Opsomming – Blunt vs Sticky End Ligation
Beperking-endonukleases is in staat om dsDNA te klief en DNA-fragmente met verskillende punte te produseer. Hulle herken spesifieke volgordes en beperk DNA wat taai en stomp punte skep. Plakkerige punte het ongepaarde basisse aan die einde van die fragmente. Stomp punte word geskep as gevolg van 'n reguit splitsing en hulle het basispare aan die punte. Klewerige afbinding vereis twee komplementêre enkelstrengige DNA-stukke. Stompe afbinding vind plaas tussen enige twee stomp eindfragmente. Dit is die verskil tussen stomp en taai afbinding.
