Die belangrikste verskil tussen LTR en nie-LTR retrotransposons is dat LTR retrotransposons 'n tipe retrotransposons is wat lang terminale herhalings in hul struktuur het, terwyl nie-LTR retrotransposons 'n tipe retrotransposons is wat nie lang terminale herhalings het nie in hul struktuur.
Retrotransposons (klas I-transponeerbare elemente of transposons via RNA-tussenprodukte) is 'n tipe genetiese komponent wat hulself in verskillende genomiese liggings kan kopieer en plak. Hulle doen dit deur RNA terug na DNA om te skakel deur 'n proses genaamd omgekeerde transkripsie deur 'n RNA-transposisie-tussenmiddel te gebruik. Daar is twee hooftipes retrotransposons soos LTR en nie-LTR retrotransposons
Wat is LTR Retrotransposons?
LTR retrotransposons is 'n tipe retrotransposons wat lang terminale herhalings in hul struktuur het. Lang stringe van herhalende DNA kan gevind word aan elke kant van 'n LTR retrotransposon. Dit staan bekend as lang terminale herhalings (LTR). Elke LTR is 'n paar honderd basispare lank. LTR retrotransposons is gewoonlik meer as 5 kilobasisse lank. Boonop is daar tussen die lang terminale herhalings gene wat getranskribeer kan word gelykstaande aan retrovirusgene gag en pol. Hierdie gene oorvleuel sodat hulle 'n protease kodeer wat normaalweg die resulterende transkripsie in funksionele geenprodukte verwerk.
Figuur 01: LTR Retrotransposons
Gag geen van retrotransposons maak 'n produk wat assosieer met ander retrotransposons transkripsies om virus-agtige deeltjies te vorm. Pol-geen maak produkte wat ensieme soos omgekeerde transkriptase-, integrase- en ribonuklease H-domeine insluit. Die omgekeerde transkriptase-ensiem voer die omgekeerde transkripsie van retrotransposon-DNS uit. Integreer ensiem integreer retrotransposon DNA in eukariotiese genoom DNA. Ribonuklease H-domeine is nuttig in die splitsing van fosfodiesterbindings tussen RNA-tussenprodukte. LTR retrotransposons kodeer ook transkripsies met tRNA-bindingsplekke sodat hulle omgekeerde transkripsie redelik maklik kan ondergaan. Verder, aangesien die retrotransposon eukariotiese genoominligting bevat, kan dit kopieë van homself in ander genomiese liggings binne 'n eukariotiese sel invoeg.
Wat is nie-LTR Retrotransposons?
Nie-LTR retrotransposons is 'n tipe retrotransposons wat nie lang terminale herhalings in hul struktuur het nie. Soos LTR retrotransposons, bevat nie-LTR retrotransposons ook gene vir omgekeerde transkriptase, RNA bindende proteïen, nuklease, en soms ribonuklease H domeine. Maar hulle kort die lang terminale herhalings; in plaas daarvan het hulle kort herhalings wat 'n omgekeerde volgorde van basisse langs mekaar kan hê. Die RNA bindende proteïene bind aan die RNA transposisie intermediêre, en nukleases breek fosfodiester bindings tussen nukleotiede in nukleïensure.
Figuur 02: LTR en nie-LTR Retrotransposons
Alhoewel hulle retrotransposons is, kan hulle nie omgekeerde transkripsie uitvoer met 'n RNA-tussenproduk op dieselfde manier as LTR-retrotransposons nie. Dit is omdat nie-LTR retrotransposons nie rye bevat wat tRNA bind nie. Dus, 'n nie-LTR retrotransposon wat in mRNA getranskribeer en in proteïene vertaal word, dien as omgekeerde transkripsie. Omgekeerde transkriptase maak 'n DNA-kopie van die nie-LTR retrotransposon se RNA wat by 'n nuwe plek in die genoom geïntegreer kan word. Verder val nie-LTR retrotransposons in twee tipes: LYNE (lang afgewisselde kernelemente) en SINEs (kort afgewisselde kernelemente).
Wat is die ooreenkomste tussen LTR en nie-LTR Retrotransposons?
- LTR en nie-LTR retrotransposons is die twee hooftipes retrotransposons.
- Albei tipes bevat gene vir ensieme soos omgekeerde transkriptase, RNA-bindende proteïen, nuklease en ribonuklease H-domeine.
- Hulle kan in die menslike genoom gevind word.
- Albei tipes is evolusionêr belangrik.
Wat is die verskil tussen LTR en nie-LTR Retrotransposons?
LTR retrotransposons het lang terminale herhalings in hul struktuur, terwyl nie-LTR retrotransposons lang terminale herhalings in hul struktuur kort. Dit is dus die sleutelverskil tussen LTR en nie-LTR retrotransposons. Verder het LTR retrotransposons lang direkte herhalings wat net een reeks basisse is wat hulself herhaal. Aan die ander kant het nie-LTR retrotransposons kort herhalings wat 'n omgekeerde volgorde van basisse langs mekaar kan hê.
Die onderstaande infografika bied die verskille tussen LTR en nie-LTR retrotransposons in tabelvorm aan vir vergelyking langs mekaar.
Opsomming – LTR vs nie-LTR Retrotransposons
LTR en nie-LTR retrotransposons is die twee hooftipes retrotransposons. LTR retrotransposons het lang terminale herhalings in hul struktuur, terwyl nie-LTR retrotransposons nie lang terminale herhalings in hul struktuur het nie. So, dit is die sleutelverskil tussen LTR en nie-LTR retrotransposons.
