Die sleutelverskil tussen CGH en skikking CGH is dat CGH 'n tradisionele molekulêre sitogenetiese metode is vir die ontleding van kopiegetalvariasie in DNS van 'n toetsmonster wat 'n laer resolusie het, terwyl skikking CGH 'n volledig geoutomatiseerde molekulêre sitogenetiese metode is vir ontleding van kopiegetalvariasie in DNS van 'n toetsmonster wat 'n hoër resolusie het.
CGH en skikking CGH is twee tegnieke om kopiegetalvariasies by individue op te spoor. Kopiegetalvariasie verwys na die dele van die genoom wat herhaal word. Kopienommer verskil tussen individue. Kopiegetalvariasie word oor die algemeen in twee groepe gekategoriseer: kort herhalings en lang herhalings. Een van die bekendste voorbeelde vir 'n kort kopiegetalvariasie is die herhaling van die CAG-trinukleotied in die huntingtien-geen. Dit veroorsaak 'n neurologiese afwyking genaamd huntingtin. Die beste voorbeeld vir lang herhalings kopiegetal variasie is die alfa-amilase geen, wat insulienweerstandigheid veroorsaak. Kopiegetalvariasie kan bespeur word deur tegnieke soos FISH, CGH en skikking CGH.
Wat is CGH?
CGH is 'n tradisionele molekulêre sitogenetiese metode vir die ontleding van kopiegetalvariasie in DNS van 'n toetsmonster in vergelyking met 'n verwysingsmonster. Dit het 'n laer resolusie in vergelyking met outomatiese tegnieke. Die doel van hierdie tegniek is om vinnig en doeltreffend twee genomiese DNA-monsters wat uit verskillende bronne ontstaan, te vergelyk.
Figuur 01: CGH
Die prosedure behels die isolasie van DNS uit twee bronne: toets en verwysing. Dan is die volgende stap onafhanklike etikettering van toets- en verwysings-DNS-monsters met fluorofore van verskillende kleure. Later is die twee DNS-monsters gedenatureer om die enkelstring DNS-monsters te kry. Laastens is die verbastering van die twee resulterende DNA-monsters in 'n 1:1 verhouding tot 'n normale metafaseverspreiding van chromosome uitgevoer. Die chromosomale verskille kan tussen die twee bronne geïdentifiseer word deur 'n fluoressensiemikroskoop en rekenaarsagteware te gebruik. Verder is die CGH-tegniek slegs in staat om ongebalanseerde chromosomale abnormaliteite op te spoor.
Wat is Array CGH?
Array CGH is 'n ten volle outomatiese molekulêre sitogenetiese metode vir die ontleding van kopiegetalvariasie in die DNS van 'n toetsmonster in vergelyking met 'n verwysingsmonster. Dit het 'n hoër resolusie, en dit is ontwikkel om die beperkings van tradisionele CGH te verminder. Array CGH kombineer die beginsels van CGH met die gebruik van mikroskikkings. In plaas daarvan om metafase-chromosome versprei te gebruik, gebruik hierdie metode skyfies wat met klein segmente DNA as die teikens gerangskik is. Hierdie mikroskikkings is gemaak deur 'n klein hoeveelheid DNA (probes) op 'n soliede glasondersteuning te deponeer en te immobiliseer. Die grootte van probes kan wissel van oligonukleotied tot 'n bakteriese kunsmatige chromosoom.
Figuur 02: Skikking CGH
Ongeag sondes, die basiese metode van skikking CGH is soortgelyk aan CGH. Sodra probes wat mikroskikking bevat voorberei is, word die twee DNA-monsters (toets en verwysing) gemerk met fluorofore van verskillende kleure saam gemeng en by die mikroskikking gevoeg. Aangesien die DNS in die monsters enkelstrengs is as gevolg van denaturering, hibridiseer hierdie DNS met geordende enkelstrengige probes. Deur 'n digitale beeldstelsel te gebruik, is dit moontlik om die chromosomale verskille tussen die twee bronne te identifiseer.
Wat is die ooreenkomste tussen CGH en Array CGH?
- CGH en skikking CGH is twee tegnieke om kopiegetalvariasies op te spoor.
- Dit is molekulêre sitogenetiese metodes.
- Albei metodes diagnoseer ongebalanseerde chromosomale abnormaliteite.
- Fluorofore is by albei metodes betrokke.
- Albei metodes kan gebruik word om genetiese afwykings op te spoor as gevolg van kopiegetalvariasies.
- Hulle word wyd gebruik in vergelykende genomiese analise.
Wat is die verskil tussen CGH en Array CGH?
CGH is 'n tradisionele molekulêre sitogenetiese metode vir die ontleding van kopiegetalvariasie in DNA van 'n toetsmonster wat 'n laer resolusie het, terwyl skikking CGH 'n volledig outomatiese molekulêre sitogenetiese metode is vir die ontleding van kopiegetalvariasie in DNS van 'n toetsmonster wat 'n hoër resolusie het. Dus, dit is die belangrikste verskil tussen CGH en skikking CGH. Verder, in CGH hibridiseer toets- en verwysings-DNA-monsters met 'n normale metafaseverspreiding van chromosome, maar in skikking-CGH hibridiseer toets- en verwysings-DNA-monsters met die geïmmobiliseerde DNA-probes wat mikroskikking bevat.
Die onderstaande infografika lys die verskille tussen CGH en skikking CGH in tabelvorm vir sy-aan-sy-vergelyking.
Opsomming – CGH vs Array CGH
CGH en skikking CGH is twee molekulêre sitogenetiese tegnieke om ongebalanseerde chromosomale abnormaliteite op te spoor. Hulle word wyd gebruik in vergelykende genomiese analise. CGH is 'n tradisionele molekulêre sitogenetiese metode vir die ontleding van kopiegetalvariasie in DNA van 'n toetsmonster wat 'n laer resolusie het. Daarteenoor is skikking CGH 'n volledig outomatiese molekulêre sitogenetiese metode vir die ontleding van kopiegetalvariasie in DNA van 'n toetsmonster wat 'n hoër resolusie het. Dus, dit som die verskil tussen CGH en skikking CGH op.
