Die sleutelverskil tussen NGS en WGS is dat volgende-generasie-volgordebepaling (NGS) 'n massief parallelle tweedegenerasie-volgordebepalingtegnologie is wat hoë deurset, lae koste en vinnig is, terwyl heelgenoom-volgordebepaling (WGS) is 'n omvattende metode om die hele genomiese DNA van 'n sel op 'n enkele tyd te ontleed deur gebruik te maak van volgordebepalingstegnieke soos Sanger-volgordebepaling, haelgeweerbenadering of hoë deurset NGS-volgordebepaling.
In die laaste paar dekades het die begrip van die genoom van mense en ander diere geweldig toegeneem as gevolg van die ontdekking van vinnige volgordebepalingstegnieke en bioinformatika-instrumente. Konvensionele volgordebepalingtegnieke soos Sanger-volgordebepaling het hul beperkings gehad, wat die ontwikkeling van nuwe vinnige volgordebepalingsmetodes vereis het, soos volgende-generasie-volgordebepaling (NGS) en nanopore-volgordebepaling. Die heelgenoomvolgordebepaling (WGS) tegniek is 'n onlangse benadering wat reeds in baie genomiese navorsingsprojekte gebruik word, soos 100 000 genomiese projek deur Genomic England, VK. Dus, NGS en WGS is twee volgordebepalingmetodes wat tans in baie genomiese projekte ingesluit word.
Wat is NGS?
NGS (volgende-generasie-volgordebepaling) is 'n massief parallelle tweede-generasie-volgorde-tegnologie wat hoë deurset, lae koste en vinnig is. Daar is geen presiese definisie vir die volgende generasie volgordebepaling nie. Maar ons kan dit duidelik onderskei van konvensionele kapillêre-gebaseerde volgordebepalingstegnieke. Volgende-generasie volgordebepaling laat die volgordebepaling van 'n DNA-molekule met 'n totale grootte groter as 1 miljoen basispare in 'n enkele eksperiment toe. Dit bied ongekende spoed en hoë deurset opsies, soos om die volgorde van DNA van verskeie individue op dieselfde tyd toe te laat. Dit word bereik deur die volume van individuele volgordebepalingsreaksies te miniaturiseer. Boonop beperk dit ook die grootte van die instrumente en verminder die koste van reagense per reaksie.
Figuur 01: NGS-platforms
NGS is 'n kortlees-volgordebepalingsmetode wat reeds 'n rewolusie in die biologiese navorsingsveld gemaak het. Verder word NGS toegepas in verskeie gebiede soos de novo genoomvolgordebepaling, heelgenoomvolgordebepaling, transkripsieanalise, klein RNA en mikro RNA volgordebepaling, geteikende hervolgordebepaling, en heeleksoomvolgordebepaling.
Wat is WGS?
WGS (heel-genoom-volgordebepaling) is 'n omvattende metode om die hele genomiese DNA van 'n sel op 'n enkele tyd te ontleed deur gebruik te maak van volgordebepalingstegnieke soos Sanger-volgordebepaling, haelgeweerbenadering, of hoë deurset NGS-volgordebepaling. Dit staan ook bekend as volledige genoomvolgordebepaling of volledige genoomvolgordebepaling. Heel-genoom-volgordebepaling behels die volgordebepaling van al 'n organisme se chromosomale DNS sowel as DNS in mitochondria, en vir plante, die DNS in die chloroplast op 'n enkele tyd. WGS stel wetenskaplikes in staat om die presiese volgorde van al die letters wat die volledige stel DNS uitmaak, te lees. WGS wat NGS-platform gebruik, sal na verwagting kliniese opstelling revolusioneer.
Figuur 02: WGS vs Hiërargiese Haelgeweer-volgorde
Heelgenoomvolgordebepaling is in 2014 aan kliniese sorg bekendgestel. Verder behels die toepassing van WGS geenvolgordebepaling op die SNP-vlak om funksionele variante in assosiasiestudies vas te stel, terapeutiese intervensie in persoonlike medisyne, evolusionêre biologie, vergelykende genomiese analise, mutasies en herrangskikkingstudies, seldsame variant assosiasie studies, en voorspelling van siekte vatbaarheid en geneesmiddelreaksie.
Wat is die ooreenkomste tussen NGS en WGS?
- NGS en WGS is twee volgordebepalingtegnieke.
- Albei tegnieke se volgorde van DNA of RNA.
- Hierdie tegnieke is nuut en betroubaar.
- Albei word gebruik in die diagnose van siektes en dwelmontdekking.
Wat is die verskil tussen NGS en WGS?
NGS is 'n massief parallelle tweedegenerasie-volgordebepalingstegnologie wat hoë deurset, lae koste en vinnig is, terwyl WGS 'n omvattende metode is om die hele genomiese DNA van 'n sel op 'n enkele tyd te ontleed deur gebruik te maak van volgordebepalingstegnieke soos bv. as Sanger-volgordebepaling, haelgeweerbenadering of hoë deurset NGS-volgordebepaling. Dit is dus die belangrikste verskil tussen NGS en WGS. Verder bestaan NGS slegs uit tweedegenerasie volgordebepalingmetodes terwyl WGS uit eerste, tweede en derde generasie volgordebepalingmetodes bestaan.
Die volgende tabel bied die verskille tussen en NGS en WGS in tabelvorm aan vir vergelyking langs mekaar.
Opsomming – NGS vs WGS
In die afgelope dekades is verskillende volgordebepalingstegnieke gereeld in kontemporêre molekulêre navorsing toegepas. En selfs hulle is baie kragtige instrumente vir baie kliniese toepassings. NGS en WGS is twee volgordebepalingsmetodes wat tans in baie genomiese projekte ingesluit word. NGS is 'n tweedegenerasie-volgordetegnologie wat hoë deurset, lae koste en vinnig is. Aan die ander kant is WGS 'n metode om die hele genomiese DNA of volle genomiese DNA van 'n sel op 'n enkele tyd te ontleed deur gebruik te maak van volgordebepalingstegnieke soos Sanger-volgordebepaling, haelgeweerbenadering of hoë deurset NGS-volgordebepaling. So, dit is die opsomming van die verskil tussen NGS en WGS.
