Die sleutelverskil tussen contig en steier is dat 'n contig nie gapings het nie, terwyl 'n steier uit contigs en gapings bestaan.
Genoomvolgordebepaling van meersellige organismes is baie moeilik in vergelyking met die volgordebepaling van eensellige organismes. Heelgenoom-haelgeweervolgordebepaling is 'n maklike en vinnige genoomvolgordebepalingstegniek vir meersellige genome. Dit is 'n metode wat baie oorvleuelende DNS-fragmente parallel orden. In hierdie metode word klein fragmente saamgestel in groter fragmente en dan in groter contigs met behulp van 'n rekenaar. Dan word die contigs saamgestel in steiers en uiteindelik in 'n chromosoom. Daarom is contig 'n aaneenlopende stuk nukleotiedvolgordes, terwyl steier 'n deel van die genoom is wat uit contigs en gapings bestaan. Beide aaneenlopende en steierwerk is gerekonstrueerde genomiese volgordes.
Wat is Contig?
Contig is 'n genomiese volgorde. Dit is 'n aaneenlopende reeks reekse wat bestaan uit A-, C-, G- en T-basisse. Dit word gevorm deur verskeie klein oorvleuelende stukkies DNS in 'n langer volgorde saam te voeg. In eenvoudige woorde, contig is 'n samestelling van 'n stel reeks fragmente. Contig-skepping behels die identifikasie van oorvleuelende volgordefragmente gebaseer op plaaslike stringpassing en belyningsmetodes wat oorvleuelende eindes van die rye identifiseer.
Contigs het nie gapings nie. Dit is deel van 'n steier. Contigs word saamgeketting wanneer 'n steier geskep word. Dit vereis bykomende inligting oor die relatiewe posisie en oriëntasie van die contigs in die genoom. Die gapings skei contigs in 'n steier. Basies is contig-samestelling 'n belangrike stap in heel-genoom-haelgeweer-volgordebepaling. Kontigs word uiteindelik in 'n volledige genomiese volgorde saamgestel. Contig-samestelling vereis tipies die begrip van algoritmes in stringpassing en rybelyning.
Wat is 'n steier?
'n Steier is 'n gerekonstrueerde genomiese volgorde van eindvolgorde-heelgenoom-haelgeweerklone. Struktureel, 'n steier bestaan uit contigs en gapings. Daarom word steiers geskep deur kettings aanmekaar te ketting en hulle deur gapings te skei. Steierskepping benodig inligting rakende die relatiewe posisie en oriëntasie van die contigs in die genoom. Heel-genoom-haelgeweersamestelling het ten doel om elke genomiese volgorde in een steier voor te stel. Maar, dit is nie heeltemal moontlik nie. Gevolglik kan een chromosoom deur verskeie steiers voorgestel word. Soms kan steiers oorvleuel. Boonop kan sommige steiers tydens die samestelling uitgefiltreer word.
Figuur 02: Oorsig van die hele-genoom-haelgeweersamestelling
Die lengte van 'n steiergaping wys nie sy ware lengte nie. Oor die algemeen word gapings arbitrêr op sekere vaste lengtes gestel. Gevolglik skep hierdie gapings en onsekerhede in hul lengte probleme om die ware ruimtelike verwantskappe van funksionele elemente in genome en die werklike omvang van ontbrekende inligting te verstaan. Soms verteenwoordig gapings ontbrekende genomiese inligting.
Wat is die ooreenkomste tussen Contig en Scaffold?
- Contig en steier is genomiese volgordes wat uit nukleotiedvolgordes saamgestel is.
- Steiers is saamgestel uit aaneensettings en gapings.
Wat is die verskil tussen Contig en Scaffold?
'n Kontig is 'n aaneenlopende reeks saamgestel uit 'n stel reeksfragmente. Daarteenoor is 'n steier 'n gedeelte van genomiese volgorde wat gerekonstrueer word deur kettings aanmekaar te ketting. Dus, dit is die belangrikste verskil tussen contig en steier. Boonop het kontiges nie gapings nie terwyl contigs in 'n steier deur gapings geskei word.
Infografiese tabelle hieronder bevat meer verskille tussen contig en steier.
Opsomming – Contig vs Scaffold
Beide aaneenlopende en steier is gerekonstrueerde nukleotiedvolgordes in heelgenoomvolgordebepalingsprojekte. Contig is 'n aaneenlopende stuk genomiese volgorde wat A, C, G en T basisse sonder gapings bevat. Die steier is 'n genomiese volgorde wat uit aaneenlopende en gapings bestaan. Gevolglik is die kortste samestellingskomponente aaneenlopende, terwyl die steiers samestellings van aaneenlopendes is. Laastens word die steiers in chromosome saamgestel in heelgenoomvolgordebepaling. Dus, dit som die verskil tussen contig en scaffold op.
