Die sleutelverskil tussen BLAST en FastA is dat die BLAST 'n basiese belyningsinstrument is wat beskikbaar is by die Nasionale Sentrum vir Biotegnologie-inligting-webwerf, terwyl FastA 'n ooreenkoms-soekinstrument is wat beskikbaar is by die European Bioinformatics Institute-webwerf.
BLAST en FastA is twee sagteware wat wyd gebruik word om biologiese volgordes van DNA, aminosure, proteïene en nukleotiede van verskillende spesies te vergelyk en na hul ooreenkomste te soek. Hierdie algoritmes is geskryf met spoed in gedagte. Omdat, toe wetenskaplikes in die middel van die 1980's DNS in die laboratorium kon isoleer, het dit 'n behoefte geskep om identiese gene te vergelyk en te vind vir verdere navorsing teen hoë spoed. Gevolglik is hierdie twee sagteware ontwikkel op 'n manier dat gebruiker 'n vinnige soektog na soortgelyke reekse met dié van hul navraagreekse kan doen.
BLAST is 'n akroniem vir Basic Local Alignment Search Tool en gebruik die gelokaliseerde benadering om die twee rye te vergelyk. FastA is 'n sagteware wat verwys na Fast A waar A vir Almal staan. Hier werk die sagteware met alfabette soos Fast A vir DNA-volgordebepaling en Fast P vir proteïen. Beide BLAST en FastA is baie vinnig om enige genoomdatabasis te vergelyk en is dus baie lewensvatbaar geldelik sowel as om tyd te bespaar.
Wat is BLAST?
BLAST is een van die mees gebruikte bioinformatika-sagteware wat in 1990 ontwikkel is. Sedertdien is dit vir almal by die NCBI-webwerf beskikbaar. Verder kan enige persoon toegang tot hierdie sagteware kry en dit gebruik. Boonop is BLAST 'n sagteware wat invoerdata of reekse in FastA-formaat benodig. Maar dit gee uitsetdata in gewone teks, HTML of XML-formaat. BLAST werk op 'n beginsel om na gelokaliseerde ooreenkomste tussen twee rye te soek en die soortgelyke rye kort te lys, en daarna soek dit na buurtooreenkomste.
Figuur 01: BLAST-resultate
Dus, hierdie sagteware soek na 'n groot aantal soortgelyke plaaslike streke en gee die resultaat wanneer 'n drempelwaarde bereik word. Hierdie proses verskil egter van die vroeëre sagteware, wat eers die hele reeks deursoek en dan die vergelyking doen, en het dus baie tyd geneem.
Afgesien van die bogenoemde ooreenkomstoetsing, het BLAST baie ander gebruike soos die DNS-kartering, vergelyking van twee identiese gene in verskillende spesies, die skep van 'n filogenetiese boom, ens.
Wat is FastA?
FastA is 'n proteïenvolgorde-belyningsagteware. David J. Lipman en William R. Pearson het hierdie sagteware in 1985 beskryf. Alhoewel die aanvanklike gebruik van hierdie sagteware slegs was om die proteïenvolgordes te vergelyk, kon die gewysigde weergawe daarvan ook DNS-volgordes vergelyk. Hier gebruik hierdie sagteware die beginsel om die ooreenkoms tussen twee rye statisties te vind. Dit pas een volgorde van die DNA of proteïen met 'n ander volgorde deur plaaslike volgorde-belyningsmetode.
Figuur 02: FastA
Dit soek egter na plaaslike streke vir ooreenkoms, maar nie die beste passing tussen twee reekse nie. Aangesien hierdie sagteware soms gelokaliseerde ooreenkomste vergelyk, kan dit ook met wanverhoudings vorendag kom. In 'n ry neem FastA 'n klein deel bekend as k-tupels, waar die tupels van 1 tot 6 kan wees en ooreenstem met die k-tupels van die ander ry. Aan die einde van die pasproses, wanneer dit 'n drempelwaarde bereik, lewer dit die resultaat.
Wat is die ooreenkomste tussen BLAST en FastA?
- BLAST en FastA is bioinformatika-instrumente wat gebruik word om proteïen- en DNA-volgordes te vergelyk vir ooreenkomste.
- Albei programme gebruik ook 'n puntestrategie om vergelykings tussen die reekse te tref.
- Verder lewer albei gereedskap hoogs akkurate resultate.
Wat is die verskil tussen BLAST en FastA?
BLAST is 'n instrument om die ooreenkoms tussen biologiese rye na te gaan. Aan die ander kant is FastA 'n ander program wat die ooreenkomstetoetsing van proteïen- en DNA-volgordes vergemaklik. In vergelyking met FastA, is BLAST-sagteware egter baie gewild, aangesien dit akkurater en vinniger resultate lewer. Dit is dus die verskil tussen BLAST en FastA. Verder, anders as FastA, is die BLAST-program veranderbaar volgens die behoefte van die gebruiker. Daarom is dit nog 'n verskil tussen BLAST en FastA.
Die onderstaande infografika oor verskil tussen BLAST en FastA verskaf meer besonderhede.
Opsomming – BLAST vs FastA
BLAST en FastA is twee programme wat die gebruiker toelaat om sy navraagvolgorde met die rye in die bestaande databasisse te vergelyk en die ooreenkomste na te gaan. Die aanvanklike doel van FastA was om slegs proteïenvolgordes te vergelyk. Maar die gewysigde weergawe van hierdie sagteware vergemaklik beide proteïen- en DNA-volgordevergelykings. Alhoewel FastA goeie sagteware is, gebruik die meeste mense BLAST-belyningsinstrument aangesien dit meer gewild is en meer akkurate en vinniger resultate as FastA lewer. Die BLAST-instrument kan ook verander word volgens die gebruikersvereistes. Kortliks, dit som die verskil tussen BLAST en FastA op.
