Die sleutelverskil tussen FASTA en FASTQ is dat FASTA 'n teksgebaseerde formaat is wat net nukleotied- of proteïenreekse stoor, terwyl FASTQ 'n teksgebaseerde formaat is wat beide volgorde- en geassosieerde volgordekwaliteitwaardes stoor.
Bioinformatika is 'n veld wat verskillende sagteware gebruik om biologiese data te ontleed en te verstaan, veral wanneer die stel data kompleks en groot is. Hierdie veld kombineer biologie, chemie, fisika, rekenaarwetenskap, inligtingsingenieurswese, wiskunde en statistiek om biologiese data te ontleed en te interpreteer. FASTA en FASTQ is twee volgordevoorstellingformate op die gebied van bioinformatika om rye in lyn te bring en te analiseer. Trouens, FASTQ is 'n volgordelêerformaat wat die FASTA-formaat uitbrei met die vermoë om die volgordekwaliteit te stoor.
Wat is FASTA?
FASTA is 'n belyningssagteware vir DNA en proteïenvolgorde. FASTA-sagteware gebruik FASTA-formaat. Dit is 'n teksgebaseerde formaat wat óf nukleotiedvolgordes óf aminosuur (proteïen) volgordes verteenwoordig. Hier verteenwoordig enkelletterkodes beide hierdie rye. FASTA is 'n belangrike hulpmiddel op die gebied van bioinformatika en biochemie. Hierdie formaat laat ryname en opmerkings toe om die reekse vooraf te gaan.
Figuur 01: FASTA-reeks
Hierdie formaat het ontstaan uit die FASTA-sagteware en is in 1985 deur David J. Lipmann en William R. Pearson bekendgestel. Die FASTA-instrument het met verloop van tyd baie modifikasies gehad, en die jongste weergawe bestaan uit programme vir proteïen:proteïen, DNA:DNA, proteïen:vertaalde DNA (met raamverskuiwings) en geordende of ongeordende peptiedsoektogte. FASTA lees 'n gegewe nukleotied- of aminosuurvolgorde en soek die ooreenstemmende volgordedatabasis deur plaaslike volgordebelyning te gebruik om passings van soortgelyke databasisreekse te vind.
Wat is FASTQ?
FASTQ is 'n belyningssagteware wat in die veld van bioinformatika gebruik word, wat beide 'n biologiese volgorde (gewoonlik nukleotiedvolgorde) en sy ooreenstemmende kwaliteittellings stoor. FASTQ is oorspronklik ontwikkel om 'n FASTA-geformateerde volgorde en die verwante kwaliteitdata deur Wellcome Trust Sanger Institute te bundel. Met die ontwikkeling in die veld van bioinformatika het FASTQ die de facto standaard geword vir die stoor van die uitset van baie hoë-deurset-volgordebepalingsinstrumente.
Die FASTQ-formaat gebruik vier verskillende reëls per ry. Reël 1 begin met @ karakter en word gevolg deur 'n volgorde identifiseerder (soortgelyk aan 'n FASTA titel reël). Reël 2 bestaan uit rou volgordeletters. In reël 3 begin die ry met 'n '+' karakter en word opsioneel gevolg deur dieselfde volgorde identifiseerder. Reël 4 kodeer die kwaliteitwaardes vir die ry in reël 2 en moet uit dieselfde aantal simbole as letters in die ry bestaan.
Wat is die ooreenkomste tussen FASTA en FASTQ?
- FASTA en FASTQ is belyningsnutsmiddels.
- Hulle is twee volgorde-voorstellingformate.
- Albei hou verband met die veld van bioinformatika.
- Beide FAST en FASTQ is belangrike nutsmiddels vir berging- en volgordedoeleindes.
- FASTQ is 'n uitbreiding van die FASTA-formaat met die vermoë om die volgordekwaliteit te stoor.
Wat is die verskil tussen FASTA en FASTQ?
FASTA is 'n teksgebaseerde formaat wat slegs nukleotied- of proteïenreekse stoor, terwyl FASTQ 'n teksgebaseerde formaat is wat beide volgorde- en geassosieerde volgordekwaliteitwaardes stoor. Dit is dus die belangrikste verskil tussen FASTA en FASTQ. Boonop stoor FASTA volgordefragmente nadat dit gekarteer is, terwyl FASTQ volgordefragmente voor kartering berg. Boonop is 'n ander verskil tussen FASTA en FASTQ dat FASTA uit een beskrywingslyn bestaan, en FASTAQ bestaan uit vier reëls.
Die onderstaande infografika bied die verskille tussen FASTA en FASTQ in tabelvorm aan vir vergelyking langs mekaar.
Opsomming – FASTA vs FASTQ
Bioinformatika gebruik verskillende formate van rye soos FASTA en FASTQ, ens. FASTA stoor volgordefragmente nadat dit gekarteer is, terwyl FASTQ die volgordefragmente stoor voor kartering. FASTA is 'n belyningssagteware vir DNA en proteïenvolgorde. Dit bestaan uit programme vir proteïen:proteïen, DNA:DNA, proteïen:vertaalde DNA (met raamverskuiwings), en geordende of ongeordende peptiedsoektogte. FASTQ is 'n belyningssagteware wat in die veld van bioinformatika gebruik word en stoor beide 'n biologiese volgorde (gewoonlik nukleotiedvolgorde) en die ooreenstemmende kwaliteittellings daarvan. FASTA bestaan uit een beskrywingslyn, en FASTQ bestaan uit vier reëls. So, dit som die verskil tussen FASTA en FASTQ op.
