Sleutelverskil – RAPD vs RFLP
Genetiese merkers word in Molekulêre Biologie gebruik om genetiese variasies tussen individue en spesies te identifiseer. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) en Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) is twee belangrike molekulêre merkers wat gereeld in laboratoriums gebruik word. RAPD word uitgevoer met kort en arbitrêre oligonukleotied-inleiders, en dit is gebaseer op die ewekansige amplifikasie van die veelvuldige liggings regdeur die templaat-DNA van die organisme. RFLP word uitgevoer met 'n spesifieke beperking endonuklease, en dit is gebaseer op die polimorfisme van gevolglike beperking fragmente en hibridisasie. Die sleutelverskil tussen RAPL en RFLP is dat RAPD 'n tipe PCR-tegniek is wat uitgevoer word sonder die voorafgaande volgordekennis, terwyl RFLP nie by PCR betrokke is nie en voorafgaande volgordekennis vereis om die tegniek uit te voer.
Wat is RAPD?
RAPD is 'n nuttige molekulêre merker in molekulêre biologie. Dit is 'n vinnige en maklike tegniek. RAPD kan gedefinieer word as 'n metode wat lei tot polimorfiese DNS-volgordes as gevolg van ewekansige amplifikasie van verskeie liggings van die teiken DNS-sjabloon. RAPD gebruik kort oligonukleotied-primers met arbitrêre volgordes vir die PCR-amplifikasie. Primers word kunsmatig gesintetiseer sonder die voorafgaande volgordekennis. Daarom word dit as 'n maklike en nuttige tegniek beskou.
Die volgende hoofstappe is betrokke by RAPD.
- Onttrekking van teiken-DNA
- Versterking van die veelvuldige liggings van die teiken-DNA deur gebruik te maak van ewekansig gekose primers
- Gelelektroforese van die versterkte PCR-produkte
- Verkleuring met etidiumbromied en identifikasie van die polimorfisme
As gevolg van die variasie in die primer-gloeiing, word verskillende fragmente met verskillende lengtes tydens die amplifikasie gegenereer. Gevolglik verskil bandpatrone op die gels tussen individue en spesies. RAPD maak dus die opsporing van genetiese variasie tussen organismes in identifikasie en differensiasie moontlik.
RAPD word toegepas in verskeie studies van molekulêre biologie soos identifikasie van die genetiese verskil tussen naverwante spesies, geenkartering, DNA-vingerafdrukke, identifikasie van oorgeërfde siektes, ens.
Figuur 01: RAPD
Wat is RFLP?
Restriction Fragment Length Polimorphisms (RFLP's) is 'n molekulêre merker wat in molekulêre biologie gebruik word vir die identifikasie van genetiese variasie in homoloë DNS-volgordes. Dit is die eerste genetiese merker wat ontwikkel is vir DNS-vingerafdrukke. Alle organismes produseer unieke DNS-profiele wanneer dit met spesifieke beperkingsensieme beperk word. RFLP dien as 'n belangrike hulpmiddel in die vervaardiging van unieke DNA-profiele van individue en die opsporing van genetiese variasie tussen hulle. Wanneer DNS-monsters met spesifieke beperking-endonukleases verteer word, lewer dit verskillende DNS-profiele wat uniek is aan elke individu. Daarom is die prinsipaal van hierdie metode die opsporing van genetiese variasie tussen organismes deur homoloë DNA te beperk met spesifieke beperkingsensieme en ontleding van die fragmentlengte polimorfisme via gelelektroforese en klad. Blotpatrone is uniek aan elke organisme en kenmerk die spesifieke genotipes.
Volgende stappe is betrokke by RFLP.
- Isolasie van voldoende hoeveelheid DNA uit monsters
- Fragmentering van die DNA-monsters met spesifieke beperking-endonukleases in kort volgorde
- Skeiding van die resulterende fragmente met verskillende lengtes deur agarosegelelektroforese.
- Oordrag van die jelprofiel na 'n membraan deur Southern blotting
- Hibridisering van die membraan met gemerkte probes en ontleding van die fragmentlengte-polimorfisme in elke profiel
RFLP het verskeie toepassings soos diagnose van oorerwingsiektes, genoomkartering, kriminele identifikasie in forensiese studies, vaderskaptoetsing, ens.
Figuur 02: RFLP genotipering
Wat is die verskil tussen RAPD en RFLP?
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD is 'n molekulêre merker gebaseer op ewekansige primers en PCR. | RFLP is 'n molekulêre merker gebaseer op die produksie van verskillende lengte-beperkingsfragmente. |
| Vereiste voorbeeld | |
| Klein DNA-monsters is genoeg vir die RAPD-analise. | 'n Groot hoeveelheid onttrekte DNA-monster word benodig vir RFLP-analise. |
| Tyd | |
| RAPD is 'n vinnige proses. | RFLP is 'n tydsame proses. |
| Primer Use | |
| Random primers word gebruik en dieselfde primers kan vir verskillende spesies gebruik word. | Spesiespesifieke probes word in RFLP vir hibridisasie gebruik. |
| Betroubaarheid | |
| Betroubaarheid van die tegniek is minder in vergelyking met RFLP. | RFLP is 'n betroubare tegniek. |
| Blotting | |
| RAPD behels suidelike klad. | Southern blotting is 'n een stap van RFLP. |
| Opsporing van alleliese variasie | |
| Alleliese variasies kan nie deur RAPD opgespoor word nie. | Alleliese variasies kan deur RFLP opgespoor word. |
| Need for Sequence Knowledge | |
| RAPD vereis nie vooraf volgordekennis nie. | Vorige volgordekennis word vereis vir sondeontwerp. |
| PCR | |
| PCR is betrokke by RAPD | PCR is nie by RFLP betrokke nie. |
| Reproduceerbaarheid | |
| RAPD het 'n lae reproduceerbaarheid | RFLP het 'n hoë reproduceerbaarheid in vergelyking met RAPD. |
Opsomming – RAPD vs RFLP
RAPD en RFLP is belangrike merkers wat in molekulêre biologie gebruik word. Beide metodes is in staat om genetiese variasie tussen organismes op te spoor. RAPD word uitgevoer met behulp van ewekansige primers. RFLP word uitgevoer met behulp van spesifieke beperkingsensieme. Albei metodes produseer DNA-profiele wat uniek is aan individuele organismes. RAPD is vergelykbaar min stappe betrokke as RFLP. Maar dit lewer minder betroubare en reproduceerbare resultate as RFLP. Dit is die hoofverskil tussen RAPD en RFLP.
