Sleutelverskil – AFLP vs RFLP
DNS-studies het 'n geweldige belangrikheid in die begrip en bepaling van filogenetiese verwantskappe, die diagnose van genetiese siektes en die kartering van organisme se genome. Verskeie tegnieke wat met DNS-analise geassosieer word, word ook gebruik vir die identifikasie van 'n bepaalde geen of 'n DNS-volgorde in 'n poel van onbekende DNS. Hulle staan bekend as molekulêre merkers. Amplified Fragment Length Polimorphism (AFLP) en Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) is twee sulke molekulêre merkers (metodes) wat in molekulêre biologie ontwikkel is om genetiese variasie tussen organismes op te spoor. Beide metodes is ewe belangrik en het voor- en nadele. Die sleutelverskil tussen AFLP en RFLP is dat AFLP selektiewe PCR-amplifikasie van die verteerde DNA behels terwyl RFLP nie selektiewe PCR-amplifikasie van die DNA-fragmente behels nie.
Wat is AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) is 'n belangrike hulpmiddel in molekulêre biologie en word wyd gebruik in genetiese variasie-analise. AFLP is gebaseer op die spesifieke PKR-amplifikasie van die gefragmenteerde genomiese DNA en opsporing van die polimorfisme deur outoradiograwe via gelelektroforese. AFLP dra wyd by tot die identifisering van genetiese verskille in stamme of naverwante spesies van verskeie koninkryke insluitend plante, diere, bakterieë en swamme. AFLP kan uitgevoer word met klein hoeveelhede onbekende DNS-monsters. Dit vereis nie vooraf volgordekennis en ontwerp van probes nie.
Stappe van AFLP
- Isolasie van DNA
- Vertering van die DNA met beperking-endonukleases
- Ligasie van die beperkte DNA-fragmente met adapters
- Selektiewe versterking van die fragmente met spesifieke beperkingswerwe
- Skeiding van die PCR-produkte deur gelelektroforese
- Visualisering van die jelmatriks deur outoradiograaf
AFLP is 'n meer sensitiewe en reproduceerbare metode wat gebruik kan word in DNS-profiele van verskeie taksa insluitend swamme, bakterieë, plante en diere sonder voorafkennis van DNS-volgordes. Dit help om geringe verskille tussen individue in bevolkings te identifiseer as gevolg van die hoogs sensitiewe aard daarvan. AFLP is ook belangrik in genoomkartering, forensiese studies, ouerlike toetsing, genotipering, ens.
Figuur 01: AFLP
Wat is RFLP?
Restriction Fragment Length Polimorphisms (RFLP's) is 'n tegniek wat gebruik word om die genetiese variasies in homoloë DNS-volgordes op te spoor. Dit is die eerste metode wat ontwikkel is vir DNS-profilering. Organismes het unieke DNS-vingerafdrukke of DNS-profiele. RFLP dien as 'n belangrike hulpmiddel om die variasie tussen DNA-profiele van intraspesifieke of naverwante organismes te ontleed aangesien homoloë volgordes verskillende beperkingsplekke (liggings) het wat uniek is aan 'n spesifieke organisme. Wanneer homoloë DNS verteer word met spesifieke beperkingsendonukleases, sal dit verskillende DNS-profiele tot gevolg hê wat uniek is aan elke individu. Daarom is die prinsipaal van hierdie metode die opsporing van genetiese variasie tussen organismes deur homoloë DNA te beperk met spesifieke beperkingsensieme en ontleding van die fragmentlengte polimorfisme via gelelektroforese en klad. Blotpatrone is uniek aan elke organisme en kenmerk die spesifieke genotipes.
Stappe van RFLP
- Isolasie van voldoende hoeveelheid DNA uit monsters
- Fragmentering van die DNA-monsters met spesifieke beperking-endonukleases in kort volgorde
- Skeiding van die resulterende fragmente met verskillende lengtes deur agarosegelelektroforese.
- Oordrag van die jelprofiel na 'n membraan deur Southern blotting
- Hibridisering van die membraan met gemerkte probes en ontleding van die fragmentlengte-polimorfisme in elke profiel
RFLP is 'n baie belangrike tegniek in die opsporing van siekte-oorerwing en om die risiko van die siekte onder familielede te vind. RFLP word ook gereeld gebruik in genoomkartering, die identifisering van misdadigers in forensiese ondersoeke, vaderskaptoetsing, ens. RFLP het ook verskeie beperkings. RFLP vereis die voorkennis van volgordedata om probes vir hibridisasie te ontwerp. Dit vereis ook isolasie van voldoende hoeveelheid DNS uit die monster om te ontleed, wat moeilik is in forensiese studies.
Figuur 01: RRFLP-kartering
Wat is die verskil tussen AFLP en RFLP?
ALFP vs RFLP |
|
| AFLP behels selektiewe PCR-amplifikasie van die verteerde DNA. | RFLP behels nie PCR nie, tensy dit PCR-RFLP is. |
| Sequence Knowledge | |
| Voorgaande volgordekennis word nie vereis nie. | Vorige volgordekennis word vereis om RFLP-probes te ontwerp. |
| Betroubaarheid | |
| Dit is meer betroubaar. | Dit is minder betroubaar in vergelyking met AFLP. |
| Doeltreffendheid in die opsporing van polimorfisme | |
| Dit het 'n hoër doeltreffendheid in die opsporing van polimorfisme as RFLP. | Dit is minder doeltreffend in vergelyking met AFLP. |
| Koste | |
| Dit is 'n bietjie duur in vergelyking met RFLP. | Dit is goedkoper in vergelyking met AFLP. |
| Aansoeke | |
| AFLP's is toegepas op genoomkartering, DNA-vingerafdrukke, genetiese diversiteitstudies, vaderskaptoetse en forensiese ondersoeke | RFLP-analise is 'n belangrike hulpmiddel in genoomkartering, lokalisering van gene vir genetiese afwykings, bepaling van risiko vir siekte, en vaderskaptoetsing. |
Opsomming – AFLP vs RFLP
AFLP en RFLP is twee tegnieke wat gebruik word as genetiese merkers vir die evaluering van diversiteit en assessering van die genetiese verwantskappe in molekulêre biologie. AFLP dien as 'n doeltreffende en sensitiewe metode vir die opsporing van genetiese polimorfisme tussen organismes as RFLP. Alhoewel beide hierdie metodes egter verskillende doeltreffendheid het om genetiese variasies op te spoor, word hulle steeds gebruik vir DNS-vingerafdrukke en siektediagnose.
