Die sleutelverskil tussen haelgeweer-volgordebepaling en volgende generasie-volgordebepaling is dat haelgeweervolgordebepaling 'n volgordebepalingmetode is wat DNS-volgordes lukraak in baie klein fragmente opbreek en die volgorde weer saamstel deur die oorvleuelende streke waar te neem, terwyl volgende Next Generation Sequencing (NGS) is 'n gevorderde metode van genetiese volgordebepaling wat van kapillêre elektroforese afhang.
Opeenvolging is die proses wat die presiese volgorde van nukleotiede in 'n geen, 'n groep gene, chromosoom en 'n volledige genoom bepaal. Dit is baie belangrik in genomiese studies, forensiese studies, virologie, biologiese sistematiese, mediese diagnose, biotegnologie en in baie ander velde om die struktuur en funksie van gene en identifikasie van organismes te ontleed. Verder is daar verskillende tipes volgordebepalingmetodes beskikbaar. Haelgeweer-volgordebepaling en Volgendegenerasie-volgordebepaling is twee gevorderde metodes onder hulle.
Wat is Haelgeweer-volgorde?
Heelgeweer-volgordebepaling is 'n volgordebepalingsmetode wat DNS-volgordes van die hele chromosoom of hele genoom lukraak in baie klein fragmente opbreek en die rye weer deur rekenaars saamstel deur die oorvleuelende rye of streke waar te neem. Oor die algemeen is soogdiergenome struktureel kompleks en groter in grootte. Daarom is dit moeilik om hulle te volgorde deur kloning aangesien dit tydrowend is. Haelgeweervolgorde is 'n vinniger metode. Dit is ook goedkoper om uit te voer. Daarom maak hedendaagse wetenskaplikes staat op haelgeweervolgordemetode om komplekse genome aan te pak.
Figuur 01: Haelgeweer-volgorde
Heelgeweer-volgordeprosedure is relatief eenvoudig. Dit begin met die fragmentering van die hele genoom in verskillende groottes van 20-kilo-basisse tot 300-kilo-basisse. Dan moet elke fragment gerangskik word deur die kettingbeëindigingsmetode te gebruik. Na volgordebepaling is dit nodig om die fragmente saam te stel deur na die oorvleuelende streke te kyk met behulp van gesofistikeerde rekenaarsagteware. Konvensionele kartering en kloning van rye is nie nodig vir hierdie metode nie. Verder vind die gebruik van genetiese kaart nie in hierdie metode plaas nie. Aangesien daar egter geen gebruik van bestaande genoomkaarte is nie, is dit meer geneig om foute tydens die samestelling te voorkom. Dit is een van die grootste nadele van hierdie metode. Verder bied korter fragmente minder unieke inligting vir elke lees in hierdie metode. Boonop slaag haelgeweervolgorde nie daarin om genoeg data te produseer om 'n konsensusvolgorde op die vereiste standaard van akkuraatheid te bepaal nie.
Ondanks die bogenoemde nadele, is die haelgeweervolgordebepalingsmetode tans die doeltreffendste en kostedoeltreffendste strategie vir die volgordebepaling van mikrobiese genome, insluitend bakterieë, virusse en gis. Dit is omdat hul genome nie herhalende streke het wat moeilik is om te volg nie, en dit is moontlik om hierdie genome maklik sonder foute in chromosome saam te stel.
Wat is Volgende Generasie Opeenvolging?
Next Generation Sequencing (NGS) is 'n term wat gebruik word om te verwys na moderne hoë deurset-volgordeprosesse. Dit beskryf 'n aantal verskillende moderne volgordebepalingtegnologieë wat genomiese studies en molekulêre biologie 'n rewolusie laat ontstaan het. Hierdie tegnieke sluit Illumina-volgordebepaling, Roche 454-volgordebepaling, Ioon Proton-volgordebepaling en SOLiD (volgordebepaling deur Oligo Ligation Detection) volgordebepaling in. NGS-stelsels is vinniger en goedkoper. Vier hoof-DNS-volgordebepalingsmetodes word in NGS-stelsels gebruik: pirosevolgordebepaling, volgordebepaling deur sintese, volgordebepaling deur ligasie en ioonhalfgeleiervolgordebepaling.'n Groot aantal DNS- of RNA-stringe (miljoene van) kan parallel deur NGS georden word. Dit laat opeenvolging van die hele genoom van organismes binne 'n kort tydperk toe.
Figuur 02: Volgende generasie volgorde
NGS het verskillende voordele. Dit is 'n hoëspoed, meer akkurate en koste-effektiewe proses wat met 'n klein steekproefgrootte uitgevoer kan word. Dit maak dus die ontleding van die hele menslike genoom in 'n enkele volgordebepaling-eksperiment moontlik. Verder kan NGS gebruik word in metagenomiese studies, in die opsporing van variasies binne 'n individuele genoom as gevolg van invoegings en delesies, ens., en in die ontleding van geenuitdrukkings. Boonop kan NGS hele transkriptome van groot getalle weefsels gelyktydig ontleed. Gevolglik het NGS die ontleding van transkriptome 'n rewolusie teweeggebring.
Wat is die ooreenkomste tussen haelgeweer-reekse en volgende generasie-volgorde?
- Heelgeweervolgordebepaling en volgendegenerasievolgordebepaling is twee genoomvolgordebepalingsmetodes.
- Albei metodes is vinnige metodes.
- Boonop is dit kostedoeltreffende metodes.
- Hulle is in staat om baie DNS-fragmente parallel te volg.
Wat is die verskil tussen haelgeweer-reekse en volgende generasie-volgorde?
Heelgeweer-volgordebepaling en volgende generasie-volgordebepaling is twee gevorderde volgordebepalingtegnieke. Haelgeweervolgorde-metode breek DNS-volgordes van die hele chromosoom of hele genoom lukraak in baie klein fragmente en stel die rye weer deur rekenaars saam deur die oorvleuelende volgordes of streke waar te neem. Daarteenoor is Next Generation Sequencing (NGS) 'n term wat verwys na moderne hoë deurset-volgordebepalingsprosesse. Dus, dit is die belangrikste verskil tussen haelgeweer-volgordebepaling en volgende generasie-volgordebepaling. Verder is volgende generasie volgordebepaling 'n tegniek wat afhang van kapillêre elektroforese, terwyl haelgeweervolgordebepaling nie afhanklik is nie. Daarom is dit ook 'n verskil tussen haelgeweer-volgordebepaling en volgende generasie-volgordebepaling. Verder, in vergelyking met haelgeweer-volgordebepaling, is volgende generasie-volgordebepaling hoogs sensitief en hoogs akkuraat.
Opsomming – Haelgeweer-reekse vs volgende generasie-reekse
Heelgeweer-volgordebepaling en volgende generasie volgordebepaling is twee volgordebepalingmetodes wat in genoomvolgordebepaling gebruik word. Albei metodes is vinnige en koste-effektiewe metodes. NGS werk op die beginsel om miljoene reekse gelyktydig op 'n vinnige manier deur 'n volgordestelsel te rangskik. In teenstelling hiermee vereis haelgeweervolgorde die opbreek van genome in klein fragmente en volgordebepaling en hersamestelling deur gebruik te maak van oorvleuelende rye. So, dit som die verskil tussen haelgeweer-volgordebepaling en volgende generasie-volgordebepaling op.
