Die sleutelverskil tussen homologie en ooreenkoms in bioinformatika is dat homologie verwys na 'n stelling oor gemeenskaplike evolusionêre afkoms van twee sekwense, terwyl ooreenkoms verwys na die mate van ooreenkoms tussen twee sekwense.
Bioinformatika is 'n veld van wetenskap wat biologie, inligtingsingenieurswese, rekenaarwetenskap, wiskunde en statistiek kombineer om biologiese data te ontleed en te interpreteer. Homologie en ooreenkoms is twee terme wat ons in die veld van bioinformatika gebruik. Ons kan maklik die ooreenkoms as 'n persentasie van soortgelyke residue oor 'n gegewe lengte van die belyning bereken. Ons kan egter nie homologie bereken nie, aangesien dit waar of onwaar kan wees en gewoonlik afhang van die hipotese wat gebruik word.
Wat is homologie in bioinformatika?
Homologie in bioinformatika verwys na die biologiese homologie tussen DNA, RNA en proteïenvolgordes wat gedefinieer word in terme van gedeelde voorvaderlike eienskappe in die evolusionêre boom van die lewe. Met ander woorde, dit is die gemeenskaplike evolusionêre afkoms van twee reekse. Die rede vir so 'n voorkoms kan óf as gevolg van spesiasiegebeure (ortoloë), horisontale geenoordraggebeure (xenoloë) óf dupliseringsgebeure (paraloge) wees.
Figuur 01: Meervoudige reeksbelyning
Dit is moontlik om die homologie tussen DNA, RNA of proteïene deur hul aminosuur- of nukleotiedvolgorde-ooreenkoms af te lei. 'n Beduidende ooreenkoms dien as 'n sterk bewyseienskap om af te lei dat twee rye verwant is aan 'n gemeenskaplike voorouervolgorde met evolusionêre veranderinge. Belynings van veelvuldige rye dui die streke van elke ry met homoloë aard aan.
Wat is ooreenkoms in bioinformatika?
In bioinformatika beoordeel ooreenkoms die ooreenkoms tussen twee proteïene of nukleotiedvolgordes. Daar is twee hoofstappe vir hierdie proses. Die aanvanklike stap is paarsgewyse belyning, wat help om die optimale belyning tussen twee rye (insluitend gapings) te vind deur algoritmes soos BLAST, FastA en LALIGN te gebruik. Na paarsgewyse belyning is dit nodig om twee kwantitatiewe parameters uit elke paarsgewyse vergelyking te verkry. Hulle is identiteit en ooreenkoms. In BLAST staan soekooreenkomste as positiewes bekend.
Figuur 02: Paarsgewyse belyning
'n Konserwatiewe mutasie vind plaas wanneer 'n aminosuur na 'n soortgelyke oorblyfsel muteer terwyl die fisiochemiese eienskappe bewaar word. Byvoorbeeld, as arginien muteer na lisien met +1 positiewe lading, word dit aanvaar aangesien die twee aminosure dieselfde eienskappe het en nie die vertaalde proteïen verander nie. Gevolglik is ooreenkomsmetings afhanklik van die kriteria van hoe twee aminosuurreste tot mekaar is.
Wat is die ooreenkomste tussen homologie en ooreenkoms in bioinformatika?
- Homologie en ooreenkoms is twee tegniese terme wat ons in bioinformatika teëkom.
- Boonop verwys beide terme na die molekulêre analise van rye.
Wat is die verskil tussen homologie en ooreenkoms in bioinformatika?
Homologie verwys na 'n stelling oor gemeenskaplike evolusionêre afkoms van twee reekse, terwyl ooreenkoms verwys na die mate van ooreenstemming tussen twee reekse. Dus, dit is die sleutelverskil tussen homologie en ooreenkoms in bioinformatika. Daarbenewens kan homologie nie bereken word nie, aangesien dit waar of onwaar kan wees en gewoonlik afhang van die hipotese, terwyl ooreenkoms maklik bereken kan word as 'n persentasie van soortgelyke residue oor 'n gegewe lengte van die belyning. Dit is dus 'n beduidende verskil tussen homologie en ooreenkoms in bioinformatika.
Die volgende infografika lys die verskil tussen homologie en ooreenkoms in bioinformatika.
Opsomming – Homologie vs Similarity in Bioinformatics
In kort, die sleutelverskil tussen homologie en ooreenkoms in bioinformatika lê in hul definisies. Homologie is 'n verklaring van gemeenskaplike evolusionêre afkoms van twee reekse, terwyl ooreenkoms die ooreenkoms tussen twee reekse is. Homologie vind plaas as gevolg van ortoloë, paraloge en xenoloë. Wanneer ooreenkomste afgelei word, is dit moontlik om algoritmes soos FastA, BLAST en LALIGN te gebruik. Homologie kan nie as 'n berekening uitgedruk word nie, maar ooreenkoms kan uitgedruk word as 'n persentasie van soortgelyke residue oor 'n gegewe lengte van die belyning. Dit is dus die opsomming van die verskil tussen homologie en ooreenkoms in bioinformatika.
