Die sleutelverskil tussen metagenomika en metatranskriptomika berus op die tipe biomolekules wat in elke area bestudeer is. Metagenomika bestudeer DNA, sy volgordes en sy gedrag in organismes, terwyl metatranscriptomics die getranskribeerde DNA bestudeer, hoofsaaklik mRNA-volgordes en sy gedrag in organismes.
Metagenomics en metatranscriptomics is twee velde wat oor die jare baie gewild geword het in verhouding tot die mikrobiese gemeenskap. Hulle is belangrik in die gesondheidsorg, nywerheid en landboubiotegnologie. Beide metagenomika en metatranscriptomics laat die studie toe van individuele organismes in 'n gemeenskap en hul funksionele rolle wat óf voordelig óf skadelik is.
Wat is Metagenomics?
Metagenomics is die studieveld wat Deoksiribonukleïensuur (DNS) ondersoek. Dit is die mees relevant vir die mikrobiese gemeenskap. Dit is ook 'n meer gevorderde veld in vergelyking met genomika. In genomika vind ontleding van 'n bepaalde organisme se DNA plaas. Metagenomika behels egter die ontleding van genetiese materiaal oor 'n gemeenskap van organismes. Dit maak dit dus moontlik om die gedrag van 'n gemeenskap van organismes te bestudeer wat betrekking het op een toestand of een omgewing.
Figuur 01: Metagenomics
Die hooftegniek betrokke by metagenomika-studies is die Next Generation Sequencing (NGS) wat die mikro-skikking-tegnologie gebruik. Die NGS-metodes kan verskeie organismes in 'n enkele reaksie ontleed vir die teenwoordigheid of afwesigheid van spesifieke DNS-volgordes. Hierdie DNS-volgordes kan verantwoordelik wees vir 'n enkele siektetoestand of 'n omgewingstoestand. Met behulp van metagenomiese kennis kan sifting van organismes dus maklik en akkuraat gedoen word. Die volgordebepaling tydens NGS vind plaas in kort leeswerk en die profilering van die organismes se DNA vind plaas. Die 16s DNS-volgorde is 'n gewilde volgorde wat bestudeer word in metagenomika rakende mikroörganismes.
Na aanleiding van die volgordebepaling van die gemeenskap van organismes, moet die belyning van die rye gedoen word. Gereedskap soos die Basic Local Alignment Sequence Tool (BLAST) word gebruik om die taak van belyning te vervul. Na die belyning verskaf 'n filogenetiese boom die verhouding van elke organisme in die gemeenskap en besonderhede rakende sy gedrag.
Wat is Metatranscriptomics?
Metatranscriptomics is die studieveld wat handel oor die transkripsie van 'n organisme. Die transkripsie vorm die hele RNA-volgorde wat tydens DNA-transkripsie getranskribeer is. Die mRNA-volgordes wat in die transkriptoom teenwoordig is, verskaf inligting oor die genetiese uitdrukking. Metatranscriptomics is die ontleding van veelvuldige transkriptome oor bevolkings of gemeenskappe heen.
Figuur 02: Transkriptoomanalise
Metatranscriptomics-studies gebruik ook mikroskikkingtegnologieë om die rye van die kortleesreekse te vind. Boonop behels metatranskriptomika ook 'n deeglike bioinformatika-analise met behulp van belyningsinstrumente en boomontwerpmetodes. Die veld van metatranskriptomika is egter baie moeiliker in vergelyking met metagenomika. Die onttrekking van mRNA of RNA as 'n geheel is nie so maklik soos dit blyk te wees nie. Aangesien RNA hoogs geneig is tot vernietiging en 'n baie kort lewenstyd het, kan die instandhouding en berging daarvan 'n moontlike navraag wees.
Wat is die ooreenkomste tussen Metagenomics en Metatransscriptomics?
- Metagenomics en metatranscriptomics is hoë deursettegnieke om gemeenskappe van organismes, hoofsaaklik mikrobiese gemeenskappe, te ontleed.
- Albei tegnieke gebruik mikroskikking-tegnologie om die bevindinge af te lei.
- Die verkry resultate word dikwels ontleed deur gebruik te maak van BLAST-belyning en filogenetiese bome.
- Boonop fokus beide tegnieke nie op een organisme nie, maar op 'n groep of gemeenskapsorganismes.
- Benewens, beide konsepte word ook meestal met betrekking tot mikrobes bestudeer – die hoofrede is hul uiteenlopende rolle wat gespeel word.
Wat is die verskil tussen Metagenomics en Metatransscriptomics?
Metagenomics en Metatranscriptomics behels die ontleding van genetiese materiaal in 'n gemeenskap van organismes. Metagenomika het dus betrekking op die patrone en volgordes van DNA, terwyl metatranskriptomika verwys na die ontleding van die mRNA of die getranskribeerde DNA. So, dit is die sleutelverskil tussen metagenomika en metatranscriptomics.
Boonop verskil die onttrekkingsprosedure in beide tegnieke; metagenomika behels DNA-ekstraksieprosedures en metatranscriptomics behels RNA-ekstraksieprosedures. Dit is dus ook 'n beduidende verskil tussen metagenomika en metatranscriptomics.
Die onderstaande infografika som die verskil tussen metagenomics en metatransscriptomics op:
Opsomming – Metagenomics vs Metatranscriptomics
Metagenomics en metatranscriptomics is nuwe studierigtings wat 'n gemeenskap van organismes vir 'n bepaalde toestand ontleed. Metagenomika verwys dus na die ontleding van DNA-volgordes. In teenstelling hiermee verwys metatranskriptomika na die ontleding van RNA-volgordes of getranskribeerde DNA-produkte. In hierdie verband maak metatranskriptomika die identifikasie van geenuitdrukking vir 'n spesifieke geval moontlik. Albei is belangrik in die ontleding van mutasies en hul effekte. Dit is vinnige en meer betroubare tegnieke wat gebruik word in voorafdiagnose. Dit is dus die opsomming van die verskil tussen metagenomika en metatranscriptomics.
