shRNA vs siRNA
Tydens die proses van RNA-interferensie (RNAi), word uitdrukking van 'n teikengeen met hoë spesifisiteit en selektiwiteit platgeslaan. RNAi is 'n natuurlike proses, en dit behels klein interfererende RNA (siRNA) en kort haarnaald-RNA (shRNA) en bi-funksionele shRNA. Tans word RNAi wyd gebruik as 'n hulpmiddel vir persoonlike kankerterapie. Die toepassings van RNAi word basies gedoen met die chemies gesintetiseerde dubbelstring siRNA en vektorgebaseerde shRNA-molekules. Alhoewel hierdie twee molekules soortgelyke funksionele uitkomste het, verskil hulle in hul struktuur; dus verskil die molekulêre meganismes van werking, die RNA-bane en buite-teiken-effekte van hierdie twee molekules ook.
shRNA
shRNA is 'n volgorde van klein RNA-molekule wat 'n stywe haarnaalddraai maak wat gebruik kan word om 'n teikengeenuitdrukking tydens RNAi stil te maak. Uitdrukking van shRNA word verkry deur 'n vektor, wat óf 'n virus óf 'n bakterie kan wees of deur aflewering van plasmiede. Hulle word in die kern van selle gesintetiseer en na die sitoplasma vervoer vir verdere prosesse. Hierdie molekules het soortgelyke rypwordingsweë van miRNA; dus het die sintese van miRNA die grondslag verskaf vir die begrip van shRNA-sintese. Óf RNA polimerase II of III kan shRNA transkribeer deur RNA polimerase II of III promotors. Die voordeel van die gebruik van shRNA's is dat hulle 'n relatief lae tempo van degradasie en omset het. Die nadeel is dat dit 'n uitdrukkingsvektor benodig, wat sekere veiligheidskwessies kan veroorsaak.
siRNA
siRNA's is dubbelstring-RNA-molekules wat bestaan uit 20-25 basispare lank. Dit word gebruik vir geenonderdrukking deur enige geen met komplementêre nukleotiedvolgorde in RNAi-baan stil te maak. Geen afbreek deur transfeksie van siRNA is dikwels onsuksesvol as gevolg van die verbygaande effek; veral in selle wat vinnig deel en die onderdrukking hou nie langer aan nie. Om hierdie probleem te oorkom, word die siRNA gewysig deur 'n kort haarnaaldstruktuur in te stel. Hierdie gemodifiseerde molekule was toe bekend as shRNA. shRNA moet deur 'n Dicer na siRNA omgeskakel word om sy normale funksie voort te sit.
Wat is die verskil tussen shRNA en siRNA?
• Anders as die siRNA, het shRNA 'n ekstra haarnaaldstruktuur. shRNA is 'n gewysigde weergawe van siRNA.
• shRNA vereis 'n uitdrukkingsvektor, terwyl siRNA dit nie doen nie.
• shRNA kan gebruik word vir langtermyn afbreek terwyl siRNA slegs vir korttermyn afbreek van gene gebruik kan word.
• Anders as die geen-onderdrukking van siRNA, is die onderdrukking van shRNA langdurig, en as dit via 'n gepaste virale vektor ingevoeg word, kan dit permanente geenstilte-effekte produseer.
• Daar word van Dicer vereis om die shRNA terug te skakel na siRNA-molekule om sy normale funksies uit te voer.
