Die sleutelverskil tussen ewekansige primers en oligo dT is dat die ewekansige primer 'n mengsel van alle moontlike heksamer oligonukleotiedvolgordes is, terwyl die oligo dT primer bestaan uit 'n enkelstrengige stuk van 12–18 deoksitimidiene.
Omgekeerde transkripsie is 'n meganisme waarin cDNA gesintetiseer kan word deur mRNA of enige spesie RNA te gebruik. Om cDNA te produseer, moet omgekeerde transkriptase-ensiem en ander nodige komponente voorsien word, veral templaat en primers. Primers is die kort DNS-volgordes wat spesifiek ontwerp is vir die amplifikasie van die teikenvolgordes. Willekeurige primers en oligo dT primers is twee algemene tipes primers wat in omgekeerde transkripsie gebruik word. Daarom is ewekansige primer of oligo dT primer kort DNA-oligonukleotiedvolgordes wat nodig is vir omgekeerde transkripsie om omgekeerde transkripsie te inisieer. Afhangende van die RNA-sjabloon, kan die geskikte primer uit hierdie twee primer-tipes gekies word.
Wat is Random Primers?
Random primer is 'n mengsel van oligonukleotiede wat alle moontlike heksamer-volgordes verteenwoordig. Primervolgorde van ewekansige primer is 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T of C. Daarom kan ewekansige primers gebruik word vir die amplifikasie van enkelstring DNA of RNA deur DNA-polimerase of omgekeerde transkriptase, onderskeidelik. Boonop is ewekansige primermengsel in staat om alle streke van die RNA te versterk om cDNA te genereer. Dit produseer dus verskillende lengtes cDNA.
Figuur 01: Random Primers
Belangriker nog, die ewekansige onderlaagmengsel toon nie sjabloonspesifisiteit nie. Dit is nie in staat om mRNA en ander RNA-spesies te onderskei nie. En dit uitgloei met enige spesie RNA in die monster. Ewekansige primermengsel is egter geskik vir omgekeerde transkripsie van RNAs sonder poli(A)-sterte, soos rRNA, tRNA, nie-koderende RNAs, klein RNAs, prokariotiese mRNA ens., gedegradeerde RNA en RNA met bekende sekondêre strukture.
Wat is Oligo dT?
Oligo dT-onderlaag is 'n stuk van 12 – 18 deoksitimien (dT). Die primer-volgorde kan voorgestel word as 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Dit word gebruik vir die produksie van cDNA vanaf mRNA wat poli(A) stert bevat. Basies dien dit as 'n primer vir die reaksie wat deur omgekeerde transkriptase gekataliseer word. Tydens die omgekeerde transkripsie uitgloei oligo dT-primer met die poli-geadenileerde stert wat op die 3'-punt van die meeste eukariotiese mRNA's gevind word en begin die proses.
Figuur 02: Omgekeerde transkripsie met Oligo dT Primer
Anders as ewekansige primer, is oligo dT-primer nie geskik vir afgebreekte RNA of RNA wat nie poli(A)-sterte het nie, insluitend prokariotiese RNA en mikroRNA.
Wat is die ooreenkomste tussen Random Primers en Oligo dT?
- Random primer en oligo dT primer is twee tipes primers wat gebruik word in omgekeerde transkripsie en die maak van cDNA.
- Die gebruik van die ewekansige primer en oligo dT primer saam verhoog die sensitiwiteit van cDNA sintese.
- Hulle is enkelstrengige kort nukleotiedreekse.
Wat is die verskil tussen Random Primers en Oligo dT?
Random primer is 'n kort oligonukleotiedvolgorde wat uit 'n ewekansige volgorde saamgestel is. Intussen is oligo dT-primer 'n kort string wat uit 12 tot 18 deoksitimidiene bestaan. Dus, dit is die belangrikste verskil tussen ewekansige primers en oligo dT. Die volgorde van ewekansige primer is 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T of C. Terwyl die volgorde van oligo dT primer 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´ is. Daarom kan ons dit beskou as nog 'n verskil tussen ewekansige primers en oligo dT.
Boonop toon ewekansige primers nie sjabloonspesifisiteit nie, en hulle gloei met enige spesie RNA, terwyl oligo dT primers spesifisiteit toon vir poli(A) sterte van eukariotiese mRNA.
Die onderstaande infografika som die verskil tussen ewekansige primers en oligo dT op.
Opsomming – Random Primers vs Oligo dT
Random primer en oligo dT primer is twee tipes primers wat in cDNA-sintese gebruik word. Ewekansige primer bestaan uit 'n mengsel van oligonukleotiede, wat alle moontlike heksameervolgordes verteenwoordig, terwyl oligo dT primer 'n enkelstring-volgorde van 12 tot 18 deoksitimidiene is. Dus, dit is die belangrikste verskil tussen ewekansige primers en oligo dT. Boonop is oligo dT-inleiders nuttig vir vollengte-omgekeerde transkripsie van RNA met poli(A)-stert, terwyl ewekansige primers nuttig is vir omgekeerde transkripsie van die meeste RNA-spesies, insluitend afgebreekte RNA, RNA wat nie poli(A)-sterte bevat nie en RNA-bevattende sekondêre strukture. Daarom toon die ewekansige primer nie sjabloonspesifisiteit nie terwyl oligo dT primer spesifisiteit toon teenoor eukariotiese mRNA wat poli(A) stert bevat.
