Die sleutelverskil tussen kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweer-volgorde lê in hul gedragsmetode. Kloon-vir-kloon-volgordebepalingsmetode behels kartering van chromosome en kloning voor volgordebepaling, terwyl kloon deur haelgeweer-volgordebepaling beide chromosoomkartering en kloningstappe tydens die volgordebepaling uitlaat.
Kloon-vir-kloon-volgordebepaling en kloon deur haelgeweer-volgordebepaling is twee metodes van hedendaagse genoomvolgordebepaling. Kloon vir kloon volgordebepaling is 'n meer betroubare metode van volgordebepaling. Die metode van kloon deur haelgeweervolgorde is egter vinniger en goedkoper. Die artikel fokus op die subtiele verskil tussen kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweer-volgordebepaling.
Wat is Clone by Clone Sequencing?
Kloon-vir-kloon-volgordebepaling is 'n metode van genoomvolgordebepaling. Dit vereis die kartering van elke chromosoom voor DNS-splitsing. Na kartering moet die DNS opgebreek word in fragmente van 150 kilobasisse lank. Hierdie fragmente is dan gereed vir volgordebepaling. Volgende stap is die invoeging van DNA-fragmente in bakteriese kunsmatige chromosome (BAC's) en dan in bakteriële selle. Aangesien die fragmente nou binne die bakteriese selle is, verdeel die ingevoegde DNS-fragmente ook elke keer wanneer die bakterieë verdeel en produseer baie identiese kopieë. Dan word die individuele bakteriese kloon DNA gefragmenteer in 500 basispaar lang fragmente. Hulle is kleiner en oorvleuelende fragmente. Vervolgens vind die volgordebepaling plaas met die invoeging van hierdie fragmente in 'n vektor met 'n bekende DNS-volgorde. Begin van die bekende volgorde van die vektor, volgordebepaling gaan voort tot by onbekende volgorde.
Nadat die opeenvolging voltooi is, is dit nodig om die areas van oorvleuelende rye te identifiseer. Daarna vind binding van die fragmente plaas om die groter fragmente te vorm wat aanvanklik in BAC's aangebied word. Vervolgens vind die samestelling van groter fragmente in die chromosoom plaas volgens die genoomkaart.
Figuur 01: Kloon deur Kloon-volgorde
Die beduidende voordeel van kloon-vir-kloon-volgordebepaling is dat die vooraf-voorbereide genoomkaart 'n betroubare samestelling van groter fragmente help. Maar die nadeel van hierdie volgordebepalingsmetode is dat dit tydrowend is om genoomkaarte te genereer en klone te maak. Dit was egter die metode wat verkies is tydens die 'Human Genome Project'.
Wat is Kloon deur Haelgeweer-volgorde?
Kloon deur haelgeweer-volgordebepaling is 'n volgordebepalingsmetode wat DNS-volgordes lukraak in baie klein fragmente opbreek en die volgorde weer saamstel deur die oorvleuelende streke waar te neem. Groter soogdiergenome is moeilik om volgorde te kloon en saam te stel. Dit is as gevolg van hul strukturele kompleksiteit en grootte. Al is die kloon-vir-kloon-volgordebepalingsmetode betroubaar, neem dit lank om genome van komplekse organismes te volgorde. Daarom het kloon-vir-haelgeweer-volgordebepaling 'n betroubare goedkoper volgordebepalingsmetode geword wat vinniger uitgevoer kan word. Gevolglik maak hedendaagse wetenskaplikes staat op hierdie volgordebepalingsmetode om komplekse genome aan te pak.
Figuur 02: Kloon deur Haelgeweer-volgorde
Gedurende kloon deur haelgeweer-volgordebepalingsmetode vind geen konvensionele genoomkartering en kloningstappe plaas nie. Aanvanklik word die hele genoom in verskillende groottes van 20 kilobasisse tot 300 kilobasisse gefragmenteer. Volgende vind volgordebepaling plaas. Dan, met behulp van gesofistikeerde rekenaarsagteware, is dit nodig om die fragmente saam te stel deur na die oorvleuelende streke te kyk.
Kloon deur haelgeweervolgorde help om die akkuraatheid van bestaande genoomvolgordes te verbeter. Die grootste voordeel van hierdie metode is dat dit 'n baie vinniger en goedkoper as kloon-vir-kloon-volgorde-metode is. Hierdie proses behels egter nie die gebruik van 'n genetiese kaart nie. Gevolglik is dit meer geneig om foute tydens die samestelling te voorkom. Dit is dus 'n groot nadeel in die kloon deur haelgeweer-volgordemetode.
Wat is die ooreenkomste tussen kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweer-volgorde?
- Beide kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweer-volgordebepaling is twee metodes van genoomvolgordebepaling.
- Tydens beide volgordebepalingstegnieke vind die samestelling van afgebreekte fragmente plaas deur oorvleuelde streke te identifiseer.
- Ook is die afbreek van DNS in kleiner fragmente nodig vir beide kloon- en haelgeweervolgordebepaling.
Wat is die verskil tussen kloon volgens kloon-volgordebepaling en haelgeweervolgorde?
Klone-vir-kloon-volgordebepalingstegniek behels twee hoofstappe: kartering van chromosome en kloning. Daarteenoor volg kloon deur haelgeweervolgorde nie hierdie twee stappe nie; dit breek DNS-volgordes lukraak in baie klein fragmente op en stel die volgorde weer saam deur die oorvleuelende streke waar te neem. Dit is dus die belangrikste verskil tussen kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweer-volgordebepaling. As gevolg van hierdie faktor is kloon-vir-kloon-volgordebepaling 'n duur en tydrowende proses terwyl kloon-vir-haelgeweer-volgordebepaling vinniger en goedkoper is.
Foute tydens samestelling is egter minder geneig om tydens kloon-vir-kloon-volgorde te voorkom. Daarom het dit 'n hoë betroubaarheid. Kloon deur haelgeweer-volgordebepaling is egter relatief 'n minder betroubare tegniek. So, dit is ook 'n beduidende verskil tussen kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweer-volgordebepaling.
Die onderstaande inligting-grafika bied meer inligting oor die verskil tussen kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweer-volgordebepaling.
Opsomming – Kloon deur kloon-volgordebepaling vs haelgeweer-volgorde
Om die verskil tussen kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweer-volgordebepaling op te som, is die kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweervolgordebepaling twee metodes van genoomvolgordebepaling. Kloon-vir-kloon-volgordebepalingstegniek behels egter beide genoomkartering en kloningsprosesse, terwyl kloon deur haelgeweer-volgordebepaling dit nie doen nie. Dus, dit is die belangrikste verskil tussen kloon-vir-kloon-volgordebepaling en haelgeweer-volgordebepaling. Aangesien genoomkartering tydens kloon-vir-kloon-volgordebepaling plaasvind, is dit minder geneig om foute tydens die samestelling van volgordes te voorkom. Maar kloon deur haelgeweer-volgorde is 'n baie vinniger en goedkoper proses. Tog is dit relatief minder betroubaar. Kloon-vir-kloon-volgordebepaling was die voorkeurvolgordebepalingsmetode tydens die 'Human Genome Project'. Maar die hedendaagse molekulêre bioloog maak meer staat op kloon deur haelgeweer-volgordebepaling.
