Sleutelverskil – Exome vs RNA-volgordebepaling
Nukleinsuurvolgordebepaling is die tegniek wat die volgorde van nukleotiede in 'n spesifieke fragment van DNA of RNA van 'n organisme bepaal. Volgordebepaling is belangrik om die DNA en RNA samestelling van die sel te identifiseer en sekere gene te onderskei wat kodeer vir funksionele proteïene; dus kan volgordebepaling gebruik word om die mutasies van hierdie gene en geenuitdrukkings te verstaan. Sanger-volgordebepalingsmetode of die meer gevorderde Volgendegenerasie-volgordebepalingsmetodes is die volgordebepalingsmetodes wat algemeen gebruik word. Eksoomvolgordebepaling is die volgordebepaling van die volledige stel eksons of koderende DNA-streke wat in 'n organisme teenwoordig is, terwyl RNA-volgordebepaling die volgordebepalingsprosedure van Ribonukleïensure (RNA) is. Dit is die sleutelverskil tussen eksoom- en RNA-volgordebepaling.
Wat is Exome-volgordebepaling?
Exome is 'n subset van die genoom wat bestaan uit die koderende gene van 'n spesifieke organisme. Koderende gene word as eksone genoem en word in mRNA getranskribeer en dan in aminosuurvolgordes vertaal. Tydens post-transkripsionele modifikasies verwyder RNA-splytingsmeganisme in eukariote die introne (nie-koderende streke), en die eksons bly. Daar is twee hooftegnieke waarin eksoomvolgordebepaling gedoen word: oplossing-gebaseerd en skikking-gebaseerd.
In oplossing-gebaseerde eksoomvolgordebepaling word DNA-monsters gefragmenteer deur gebruik te maak van óf beperkingsensieme óf meganiese metode en gedenatureer deur hitte. In hierdie tegniek word gebiotinileerde oligonukleotiedprobes (lokaas) gebruik om selektief met teikenstreke in die genoom te hibridiseer. Magnetiese streptavidien-krale word gebruik vir die bindingstap. Binding word gevolg deur 'n wasstap waar die ongebonde en nie-geteikende reekse weggespoel word. Die gebonde teikens word dan geamplifiseer deur gebruik te maak van Polimerase Kettingreaksie (PCR) en word dan georden deur gebruik te maak van Sanger-volgordebepaling of Next Generation Sequencing tegnieke.
Figuur 01: Exome-volgorde
Skikking-gebaseerde metode is ook soortgelyk aan die oplossing-gebaseerde metode, behalwe dat DNS-fragmente in 'n mikro-skikking vasgelê word, en dan volg die binding en die wasstappe voordat dit in volgorde geplaas word.
Eksoomvolgordebepaling word gebruik in baie toepassings soos genetiese diagnose van siektes, in geenterapie, in die identifisering van nuwe genetiese merkers, in die landbou om verskeie voordelige agronomiese eienskappe te identifiseer en in plantteelprosedures.
Wat is RNA-volgordebepaling?
RNA-volgordebepaling is gebaseer op die transkriptoom, wat die volledige transkripsies van die sel is. Die sleuteldoelwitte van RNA-volgordebepaling is om alle spesies van die transkripsie te katalogiseer, insluitend mRNA, nie-koderende RNA en klein RNA, om die transkripsiestruktuur van gene te bepaal en om die uitdrukkingsvlakke van elke transkripsie tydens ontwikkeling te kwantifiseer. Tydens RNA-volgordebepaling is hibridisasietegnologieë (wat komplementêre DNA afkomstig was van volwasse mRNA-volgordes) aanvanklik vir volgordebepaling gebruik. Tans word 'n meer akkurate en 'n gevorderde deurvoertegniek vir RNA-volgordebepaling gebruik.
Figuur 02: RNA-volgordebepaling
In RNA-volgordebepaling word 'n monster van RNA wat totale RNA of gefraksioneerde RNA kan wees omgeskakel na sy komplementêre DNA (cDNA) met behulp van omgekeerde transkripsie, en 'n cDNA-biblioteek word voorberei. Elke cDNA-fragment is aan beide kante aan adapters geheg (paar-eindvolgordebepaling) of aan die een kant (enkeleindvolgordebepaling). Hierdie gemerkte reekse word gerangskik deur gebruik te maak van Sanger-volgordebepaling of volgende generasie, soos eksoomvolgordebepaling.
Wat is die ooreenkomste tussen eksoom- en RNA-volgordebepaling?
- Kort geselekteerde fragmente of die hele stel DNA/RNA kan vir Exome- of RNA-volgordebepaling gebruik word.
- Opeenvolgende fragmente word in biblioteke bewaar.
- Sanger-volgorde- of Next Generation-reekse kan gebruik word.
- Albei is in vitro-volgordebepalingmetodes.
- Opeenvolgende fragmente kan deur fluoresserende etikette bepaal word.
Wat is die verskil tussen eksoom- en RNA-volgordebepaling?
Exome vs RNA-volgordebepaling |
|
| Eksoom-volgordebepaling is die volgordebepaling van die volledige stel eksone of kodende DNS-streke wat in 'n organisme teenwoordig is. | RNA-volgordebepaling verwys na die volgordebepalingsprosedure van Ribonukleïensure (RNA); die transkripsie. |
| Beginvoorbeeld | |
| Genomiese DNA is die beginmonster van eksoomvolgordebepaling. | RNA is die beginmonster van RNA-volgordebepaling. |
| Composition | |
| Dit bevat slegs koderende streke van die totale DNA bekend as Exons | Dit bevat RNA-mRNA / transkriptoom. |
| Opeenvolging | |
| Daar is twee hoofmetodes van eksoomvolgordebepaling; oplossinggebaseerde en skikkinggebaseerde tegnologieë. | RNA-volgordebepaling word gedoen deur die voorbereiding van 'n cDNA-biblioteek deur die totale RNA of gefragmenteerde RNA te onttrek. |
Opsomming – Exome vs RNA-volgordebepaling
Eksoom is die volledige stel koderende streke van 'n organisme en die tegnieke betrokke by die bepaling van die presiese nukleotiedvolgorde van Eksoom staan bekend as eksoomvolgordebepaling. RNA-volgordebepaling is die tegniek betrokke by die bepaling van die nukleotiedorde van die RNA van 'n organisme. Dit is die verskil tussen eksoom- en RNA-volgordebepaling.
Laai PDF-weergawe van Exome vs RNA Sequencing af
Jy kan die PDF-weergawe van hierdie artikel aflaai en dit vir vanlyn doeleindes gebruik soos per aanhalingsnota. Laai asseblief PDF-weergawe hier af Verskil tussen Exome- en RNA-volgordebepaling
